单位内设机构不按工作程序出台工作制度，并不一定直接构成违纪，但可能违反单位内部管理规定或相关法律法规，具体取决于该行为是否违反了法定程序或单位内部明确规定的程序。以下从不同角度进行分析：

1. 单位内部管理规定角度

• 违反内部程序：如果单位内部有明确的工作制度出台程序（如需经过特定部门审核、职工代表大会讨论通过等），而内设机构未遵循这些程序擅自出台制度，那么该行为可能违反了单位内部的管理规定。这种情况下，虽然不一定直接构成法律上的“违纪”，但单位有权依据内部规定对其进行处理，如要求整改、撤销违规制度等。
• 内部纪律处分：若单位内部规章制度明确规定了此类行为的纪律处分措施，那么内设机构的相关责任人员可能会受到相应的纪律处分，如警告、记过、降职等。

2. 法律法规角度

• 法定程序要求：如果出台的工作制度涉及员工切身利益（如薪酬、福利、工作时间等），且相关法律法规（如《劳动法》、《劳动合同法》等）对出台此类制度有明确的程序要求（如需与工会或职工代表协商、公示等），而内设机构未遵循这些法定程序，那么该行为可能构成违法。这种情况下，单位可能面临法律责任，如被劳动行政部门责令改正、赔偿员工损失等。
• 行政责任与民事责任：若因未遵循法定程序出台制度导致员工权益受损，单位还可能承担行政责任（如被罚款）和民事责任（如赔偿员工因制度违规而遭受的损失）。

3. 实际操作建议

• 审查内部程序：首先，应审查单位内部是否有明确的工作制度出台程序，以及该程序是否被内设机构违反。
• 评估法律影响：其次，应评估该行为是否违反了相关法律法规对出台工作制度的程序要求，以及可能带来的法律后果。
• 采取补救措施：如果发现内设机构的行为确实违反了内部程序或法律法规，单位应及时采取补救措施，如撤销违规制度、重新按照程序出台制度、对相关责任人员进行纪律处分等。
• 加强培训与监督：为避免类似情况再次发生，单位应加强对内设机构的培训与监督，确保其了解并遵循工作制度出台的程序要求。

总结来说，单位内设机构不按工作程序出台工作制度，其性质取决于是否违反了单位内部管理规定或相关法律法规。若违反，单位应及时采取补救措施，并加强内部培训与监督，以避免类似情况再次发生。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。