分行签订的合同中约定由总行所在地法院管辖，该约定通常是有效的。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条的规定：“合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。”这一条款为合同中约定管辖法院提供了明确的法律依据。

二、分公司签订合同的效力

分公司作为总公司的分支机构，虽然不具备独立的法人资格，但其民事责任最终由总公司承担。在签订合同时，分公司有权代表总公司进行民事活动，包括约定管辖法院。因此，分公司签订的合同中关于管辖法院的约定，在符合法律规定的情况下，是具有法律效力的。

三、总行所在地法院作为管辖法院的合理性

1. 与争议有实际联系：总行所在地通常与合同履行、合同签订或当事人住所地等存在实际联系。例如，总行可能负责合同的审批、资金拨付等关键环节，或者总行所在地是合同履行地之一。因此，将总行所在地法院约定为管辖法院，符合民事诉讼法中关于“与争议有实际联系的地点”的要求。

2. 不违反级别管辖和专属管辖：只要约定的管辖法院不违反法律对级别管辖和专属管辖的规定，该约定就是有效的。级别管辖主要关注案件的性质、影响范围和标的额大小，而专属管辖则针对特定类型的案件（如不动产纠纷、港口作业纠纷等）规定了特定的管辖法院。在分公司签订的合同中，只要不涉及这些特殊情况，将总行所在地法院约定为管辖法院就是合法的。

四、实际案例支持

从实际案例来看，法院通常认可分公司签订的合同中关于由总行所在地法院管辖的约定。例如，在某起预拌混凝土采购合同纠纷中，合同明确约定若发生争议且协商无果，应依法向总行（即总公司）所在地人民法院提起诉讼。法院最终认定该管辖条款合法有效，并对案件进行了审理。

五、注意事项

1. 明确约定：在合同中应明确、具体地约定管辖法院，避免使用模糊或容易引起歧义的表述。

2. 遵守法律规定：约定的管辖法院不得违反法律对级别管辖和专属管辖的规定。

3. 考虑实际便利：在选择管辖法院时，还应考虑当事人参加诉讼的便利性和诉讼成本等因素。

总结与建议：分行签订的合同中约定由总行所在地法院管辖，在符合法律规定且与争议有实际联系的情况下，该约定是有效的。如果您在签订或履行合同过程中遇到任何法律问题，欢迎直接向我咨询，我将为您提供专业的法律建议。