在银行金融借款纠纷中，约定在银行总行所在地法院管辖通常是有效的，但需满足一定条件。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律依据与有效性判断
协议管辖原则：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条的规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。
- 在银行金融借款纠纷中，如果双方当事人在合同中明确约定了管辖法院，且该约定符合上述法律规定，即选择了与争议有实际联系的地点的人民法院，那么该约定通常是有效的。
银行总行所在地与争议的联系：
- 银行总行所在地通常与银行金融借款纠纷有实际联系，因为银行总行是银行的管理机构，对借款合同的签订、履行等具有重要影响。
- 因此，如果双方约定在银行总行所在地法院管辖，且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，那么该约定是有效的。
二、可能影响管辖约定有效性的因素
级别管辖：
- 如果借款纠纷涉及的金额巨大，可能超出基层法院的管辖范围，此时需要按照级别管辖的规定，由相应级别的法院管辖。
- 如果双方约定的管辖法院违反了级别管辖的规定，那么该约定可能是无效的。
专属管辖：
- 某些特定类型的纠纷，如因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院专属管辖。
- 如果银行金融借款纠纷涉及不动产，且双方约定的管辖法院与不动产所在地不一致，那么该约定可能因违反专属管辖的规定而无效。
约定不明确或存在歧义：
- 如果双方约定的管辖法院不明确或存在歧义，导致无法确定具体的管辖法院，那么该约定可能是无效的。
三、实际操作建议
明确约定管辖法院：
- 在签订借款合同时，双方应明确约定管辖法院，并确保该约定符合法律规定，避免出现模糊或歧义的表述。
考虑实际联系地点：
- 在选择管辖法院时，应考虑与争议有实际联系的地点，如合同签订地、合同履行地、原告住所地、被告住所地或标的物所在地等。
遵守级别管辖和专属管辖规定：
- 在约定管辖法院时，应遵守级别管辖和专属管辖的规定，确保约定的管辖法院具有管辖权。
举例说明：假设某银行与借款人签订了一份借款合同，并在合同中明确约定：“如因本合同发生争议，双方应协商解决；协商不成的，应提交至银行总行所在地人民法院诉讼解决。”如果银行总行所在地与争议有实际联系，且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，那么该约定是有效的。
总结：在银行金融借款纠纷中，约定在银行总行所在地法院管辖通常是有效的，但需确保该约定符合法律规定，不违反级别管辖和专属管辖的规定，且明确无歧义。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。