合同中约定由原告所在地、被告所在地、合同履行地管辖，在符合法律规定的情况下是有效的。以下是对这一问题的详细分析：

一、法律依据与有效性基础

根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十四条的规定，合同或其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖。这一规定为合同双方约定管辖法院提供了明确的法律依据。因此，合同中约定由原告所在地、被告所在地、合同履行地管辖，只要这些地点与争议有实际联系，且不违反级别管辖和专属管辖的规定，就是有效的。

二、级别管辖与专属管辖的限制

1. 级别管辖：合同的管辖约定不能改变法律规定的级别管辖原则。例如，本应由基层法院管辖的案件，不能通过约定直接提升至中级人民法院管辖。因此，在约定管辖法院时，应确保所选法院的级别与案件性质、标的额等相符合。

2. 专属管辖：对于某些特定类型的案件，如不动产纠纷、港口作业纠纷、继承遗产纠纷等，法律规定了专属管辖原则。这些案件只能由特定法院管辖，当事人不能通过约定改变其管辖法院。因此，在约定管辖法院时，应特别注意避免违反专属管辖的规定。

三、约定管辖的实际意义与操作建议

1. 实际意义：

   • 对原告来说，在自己熟悉的地域进行诉讼具有诸多便利，包括交通、获取证据、参与诉讼等方面的成本降低。
   • 对被告来说，虽然可能需要到异地应诉，但约定管辖也为其提供了明确的预期和准备时间。
   • 约定管辖有助于减少管辖争议，提高诉讼效率。

2. 操作建议：

   • 明确约定：双方应以书面形式明确管辖条款的内容，确保选择的管辖法院与争议有实际联系，并避免使用模糊或歧义的表述。
   • 遵守法律：在约定管辖法院时，应严格遵守级别管辖和专属管辖的规定，确保约定的合法性和有效性。
   • 考虑实际：在约定管辖法院时，可以考虑双方的实际利益和诉讼便利，选择一个相对公平、合理的管辖法院。

四、特殊情况下的处理

1. 管辖冲突：如果合同中约定了多个管辖法院，且这些法院之间发生管辖冲突时，应根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，由最先立案的法院管辖，或者由共同上级法院指定管辖。

2. 约定不明：如果合同中的管辖约定不明或存在歧义，可能导致该约定无法生效。此时，应根据法律规定和案件实际情况，确定合适的管辖法院。

五、实例说明

假设甲乙双方签订了一份买卖合同，并在合同中约定：“如双方在本合同履行过程中发生争议，协商不成的，任何一方均有权向原告所在地、被告所在地或合同履行地有管辖权的人民法院提起诉讼。”这样的约定在符合法律规定的情况下是有效的。当合同履行问题产生纠纷时，甲方或乙方可以根据自己所在地或合同履行地选择相应的法院提起诉讼。

综上所述，合同中约定由原告所在地、被告所在地、合同履行地管辖是有效的，但必须遵守法律对于级别管辖和专属管辖的规定，并以书面形式明确内容，确保约定的地点与争议有实际联系。在实际操作中，双方应谨慎制定管辖条款，以避免因约定不明或违反法律规定而引发不必要的争端和纠纷。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。