总公司签订合同约定由分公司所在地管辖法院管辖的条款，在符合法律规定的情况下是有效的。以下从不同角度为你详细分析：
法律背景与依据
根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条：“合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。”
在此情境下，分公司所在地若与争议有实际联系（例如合同履行地、标的物所在地等在分公司所在地，或者分公司参与了合同的签订、履行等关键环节），且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，那么总公司与合同相对方在合同中约定由分公司所在地法院管辖的条款就是合法有效的。
实际案例与解释
假设一家总公司（位于A地）与一家供应商（位于B地）签订了一份采购合同，合同中明确约定：“因本合同产生的任何争议，双方应友好协商解决；协商不成的，应提交至总公司位于C地的分公司所在地法院管辖。” 在此案例中，如果C地与合同有实际联系（比如合同在C地签订，或者货物的交付地在C地等），且该约定不违反级别管辖和专属管辖，那么该管辖条款就是有效的。当双方因合同履行产生争议时，供应商就需要向C地的法院提起诉讼。
特殊情况与注意事项
分公司是否具有诉讼主体资格：虽然分公司可以以其自己的名义从事民事活动，但在诉讼中，如果分公司不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。不过，这并不影响管辖条款的效力。即使最终责任由总公司承担，诉讼仍可以在分公司所在地法院进行。
级别管辖与专属管辖的限制：无论管辖条款如何约定，都不能违反级别管辖和专属管辖的规定。例如，如果合同纠纷属于中级人民法院管辖的范围，那么双方就不能约定由基层人民法院管辖。同样，如果合同纠纷属于专属管辖的范围（如不动产纠纷），那么双方就不能约定由其他法院管辖。
约定不明的处理：如果管辖条款约定不明，或者双方对管辖条款的理解存在争议，那么就需要根据法律规定来确定管辖法院。在这种情况下，可能会涉及到合同履行地、被告住所地等因素的考量。
法律建议
明确约定管辖法院：在签订合同时，双方应尽可能明确约定管辖法院，以避免后续因管辖问题产生争议。
审查分公司所在地与合同的联系：在约定由分公司所在地法院管辖时，应审查分公司所在地是否与合同有实际联系，以确保管辖条款的合法性。
注意级别管辖与专属管辖的规定：在约定管辖法院时，应确保不违反级别管辖和专属管辖的规定，以免管辖条款被认定为无效。
如果你在合同签订或履行过程中遇到任何法律问题，或者对管辖条款的效力有疑问，都可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律建议。