您好，关于综合工时制员工如何休年休假的问题，我可以为您详细解答。

首先，无论是综合工时制还是标准工时制，员工休年休假的基本条件是一致的。根据《职工带薪年休假条例》，职工连续工作满1年以上的，就依法享受带薪年休假。年休假的天数根据职工的累计工作年限来确定：工作满1年不满10年的，享受5天年休假；工作满10年不满20年的，享受10天年休假；工作满20年的，享受15天年休假。

对于综合工时制的员工来说，年休假的安排可能会受到工作性质的影响。因为综合工时制通常适用于工作性质特殊、需要连续作业或受季节及自然条件限制的企业。但即便如此，单位也应当根据生产、工作的具体情况，并考虑职工本人的意愿，来统筹安排年休假。

年休假可以在1个年度内集中安排，也可以分段安排。一般来说，年休假是不跨年度安排的，但单位如果因为生产、工作特点确有必要，也可以跨1个年度来安排。如果单位因为工作需要不能安排职工休年休假，那么需要经过职工本人的同意，并且对于职工应休未休的年休假天数，单位应当按照该职工日工资收入的300%来支付年休假工资报酬。

另外，还有一些特殊情况需要注意。比如，如果职工当年已经休了婚假、产假等国家规定的假期，那么这些假期是不计入年休假假期的，职工仍然可以享受年休假。但是，如果职工依法享受寒暑假，且休假天数多于年休假天数的，或者职工请事假累计20天以上且单位按照规定不扣工资的，以及累计工作满一定年限但请病假超过规定天数的，这些情况下职工是不享受当年年休假的。

总的来说，综合工时制的员工在休年休假方面与标准工时制的员工享有同等的权利。单位应当根据实际情况，合理安排员工的年休假，确保员工能够充分休息，以更好的状态投入到工作中去。如果您还有其他关于年休假的问题，欢迎随时向我提问。