结论：公司仅持有员工假学历证的扫描件进行仲裁，其结果会因具体情况而有所不同，但总体来说，可能面临证据效力受限、仲裁请求可能不被完全支持以及可能承担举证不能的法律后果等风险。以下是对此问题的详细分析：
证据效力问题：
- 扫描件作为电子证据，其真实性、完整性和关联性需要得到确认。在仲裁过程中，对方可能会对扫描件的真实性提出质疑，要求提供原件或其他佐证材料。
- 如果公司无法提供原件或无法通过其他方式证明扫描件的真实性，那么该证据可能不会被仲裁庭采纳，从而影响公司的仲裁请求。
仲裁请求的支持程度：
- 即使扫描件被认定为真实，公司还需要证明该假学历证与员工的入职、晋升、薪酬等劳动权益有直接关联，以及这种关联如何违反了公司的规章制度或法律法规。
- 如果公司无法充分证明这些关联点，仲裁庭可能不会完全支持公司的仲裁请求，如解除劳动合同、要求赔偿等。
举证责任与法律后果：
- 在劳动争议仲裁中，公司作为提出主张的一方，通常需要承担举证责任。如果公司仅凭扫描件无法充分证明其主张，可能会面临举证不能的法律后果。
- 举证不能可能导致公司的仲裁请求被驳回，或者需要承担不利的法律后果，如支付员工经济补偿、赔偿金等。
建议：
- 公司在进行仲裁前，应尽可能收集更多、更充分的证据，包括但不限于原件、证人证言、其他相关文件等，以证明其主张。
- 如果公司确实只有扫描件作为证据，应考虑通过其他方式（如公证、鉴定等）增强其证据效力。
- 在仲裁过程中，公司应积极配合仲裁庭的调查和询问，如实陈述事实，提供必要的证据材料。
后续行动：如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。