员工非因工受伤交通事故赔偿了工资，在医疗期内企业仍需支付医疗期工资。以下是详细分析：

一、医疗期工资支付规定

根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期的规定》及相关法律法规，员工因非工伤原因（如交通事故）住院治疗，企业应给予一定医疗期。医疗期时长根据员工实际工作年限和在本单位工作年限确定，一般为3个月到24个月。在医疗期内，企业应按照规定支付病假工资或疾病救济费，这些费用可以低于当地最低工资标准，但不能低于最低工资标准的80%。

二、交通事故赔偿与医疗期工资的关系

1. 赔偿性质不同：交通事故赔偿是侵权方对受害者因交通事故导致的损失进行的赔偿，包括医疗费、误工费、护理费等。而医疗期工资是企业根据法律规定，在员工因非工伤原因无法工作时支付的工资。两者性质不同，互不影响。
2. 避免重复赔偿：虽然交通事故赔偿中可能包含误工费，但这并不影响员工在医疗期内获得企业支付的病假工资或疾病救济费。不过，在计算交通事故赔偿中的误工费时，应考虑员工在医疗期内已获得的工资部分，避免重复赔偿。

三、实际操作建议

1. 保留相关证据：员工应保留好交通事故赔偿的相关证据，如赔偿协议、支付凭证等，以便在需要时证明已获得的赔偿情况。
2. 与企业沟通：员工应与企业沟通，明确医疗期工资的支付标准和时间，确保自己的权益得到保障。
3. 寻求法律援助：如果员工与企业就医疗期工资支付问题产生争议，可以寻求法律援助或咨询专业律师，通过合法途径维护自己的权益。

四、特殊情况说明

如果员工在交通事故中受伤严重，导致长期无法工作，且已超出医疗期仍未痊愈，企业可以根据相关规定与其解除劳动合同，但需支付相应经济补偿。不过，在医疗期内，企业仍需按照规定支付病假工资或疾病救济费。

总结：员工非因工受伤交通事故赔偿了工资，并不影响其在医疗期内获得企业支付的病假工资或疾病救济费。员工应了解自己的权益，与企业沟通并保留好相关证据，必要时寻求法律援助以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。