结论：工厂在员工直接不干（即擅自离职）的情况下克扣两千元作为罚款，一般是不合法的。具体是否合法，需根据实际情况及相关法律规定进行综合判断。
一、法律背景与规定
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。
罚款的合法性：
- 用人单位并非行政机关，不具有行政处罚权，因此一般无权对员工进行罚款。除非员工的行为给用人单位造成了实际损失，且该损失与员工的行为存在直接因果关系，用人单位可以依据劳动合同或规章制度要求员工赔偿损失，但赔偿金额应合理，且需经过合法程序确定。
二、具体分析
擅自离职的后果：
- 员工擅自离职（即未按照劳动合同约定或用人单位规章制度规定的程序办理离职手续）可能构成违约，用人单位可以依据劳动合同或规章制度要求员工承担违约责任。但违约责任的形式和金额应明确约定在劳动合同或规章制度中，且不得违反法律法规的强制性规定。
克扣工资的合法性：
- 如果工厂以员工擅自离职为由克扣两千元作为罚款，这通常是不合法的。因为罚款并非合法的工资扣除方式，且克扣金额可能超过员工实际给工厂造成的损失（如果有的话）。工厂应当通过合法途径（如协商、仲裁或诉讼）来主张其权益，而不是直接克扣员工工资。
三、法律建议
与工厂协商：
- 员工可以与工厂协商解决工资克扣问题，要求工厂按照劳动合同约定和国家规定支付工资。
申请劳动仲裁：
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求工厂支付被克扣的工资及可能的赔偿金。
提起诉讼：
- 对劳动仲裁结果不服的，员工还可以向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自己的合法权益。
四、可能的法律后果
工厂承担法律责任：
- 如果工厂克扣员工工资的行为被认定为违法，工厂可能需要支付被克扣的工资、赔偿金及可能的滞纳金等，并可能面临劳动行政部门的处罚。
员工权益得到保障：
- 通过合法途径维护自己的权益，员工可以确保自己的劳动报酬得到及时足额支付，并维护自己的合法权益不受侵害。
总结：工厂在员工擅自离职的情况下克扣两千元作为罚款一般是不合法的。员工应当通过合法途径维护自己的权益，如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。