结论：在对方公司声称票已开、货已运走但出库单丢失的情况下，能否通过起诉追回款项，取决于多个因素，包括证据的充分性、合同条款的约定以及诉讼策略的选择等。以下从不同角度进行分析。

一、证据的充分性

1. 出库单的作用：出库单是证明货物已经交付给对方公司的重要证据。如果出库单丢失，您需要寻找其他证据来证明货物已经交付，例如运输单据、签收单、对方公司的确认函等。

2. 其他证据的收集：除了出库单外，您还可以收集与交易相关的其他证据，如合同、发票、付款记录、通信记录等。这些证据可以共同构成一个完整的证据链，证明您已经履行了合同义务，而对方公司未履行付款义务。

3. 证据的证明力：在诉讼中，证据的证明力是关键。您需要确保所收集的证据具有真实性、合法性和关联性，能够充分证明您的事实主张。

二、合同条款的约定

1. 付款条款：检查合同中关于付款的条款，包括付款时间、付款方式、付款条件等。如果对方公司未按照合同约定付款，您有权要求其履行付款义务。

2. 违约责任：合同中可能约定了违约责任条款，如违约金、赔偿损失等。如果对方公司违约，您可以根据合同约定要求其承担违约责任。

3. 争议解决方式：合同中可能约定了争议解决方式，如仲裁或诉讼。您需要根据合同约定选择合适的争议解决方式。

三、诉讼策略的选择

1. 起诉时机：选择合适的起诉时机很重要。如果对方公司已经明确表示拒绝付款或存在其他违约行为，您可以及时起诉以维护自己的权益。

2. 诉讼请求：在起诉时，您需要明确自己的诉讼请求，如要求对方公司支付款项、承担违约责任等。同时，您需要提供充分的证据来支持自己的诉讼请求。

3. 诉讼风险：诉讼存在风险，包括败诉风险、执行风险等。在起诉前，您需要对诉讼风险进行充分评估，并制定相应的诉讼策略。

四、可能的法律后果

1. 胜诉后果：如果您能够提供充分的证据证明对方公司未履行付款义务，且合同条款对您有利，那么您有可能胜诉并获得相应的赔偿。

2. 败诉后果：如果您无法提供充分的证据或合同条款对您不利，那么您有可能败诉并承担相应的诉讼费用。

建议：

• 在起诉前，尽量收集与交易相关的所有证据，并确保证据的充分性和证明力。
• 仔细审查合同条款，了解自己的权利和义务，以及对方公司的违约责任。
• 选择合适的诉讼时机和诉讼请求，并制定相应的诉讼策略。
• 如有需要，可以寻求专业律师的帮助，以更好地维护自己的权益。

如果您在此过程中有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。