结论：民事判决企业无效但未判决撤销登记的情况下，是否需要行政诉讼确认登记有效或无效，取决于具体情境和法律需求，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、民事判决与行政登记的关系
民事判决的效力：
- 民事判决主要解决当事人之间的民事权益争议，其效力通常限于当事人之间。
- 当民事判决认定企业无效时，这主要影响的是企业作为民事主体的资格和权利能力，但并不直接等同于行政登记的无效。
行政登记的效力：
- 行政登记是行政机关对特定事实或法律状态的确认和记载，具有公信力。
- 行政登记的效力通常不受民事判决的直接影响，除非民事判决明确指出行政登记存在违法或错误。
二、是否需要行政诉讼确认登记有效或无效
需要行政诉讼的情况：
- 登记内容与民事判决冲突：如果行政登记的内容与民事判决认定的事实或法律状态存在明显冲突，且该冲突影响到相关权益人的合法权益，那么相关权益人可能需要通过行政诉讼来确认登记的有效或无效。
- 行政登记程序违法：如果行政登记的程序存在违法或不当之处，且该违法或不当行为影响了登记结果的合法性，那么相关权益人也可能需要通过行政诉讼来纠正。
- 民事判决未涉及登记效力：在民事判决仅认定企业无效但未明确涉及登记效力的情况下，如果相关权益人认为登记的存在对其权益造成了影响，那么他们可能需要通过行政诉讼来明确登记的效力。
不需要行政诉讼的情况：
- 民事判决已明确登记效力：如果民事判决在认定企业无效的同时，已经明确指出了行政登记的效力（如无效或应撤销），那么在这种情况下，可能无需再通过行政诉讼来确认登记的效力。
- 登记不影响权益：如果行政登记的存在并不影响相关权益人的合法权益，或者相关权益人已经通过其他途径（如协商、调解等）解决了争议，那么在这种情况下，也可能无需通过行政诉讼来确认登记的效力。
三、法律建议
- 分析具体情况：在决定是否需要通过行政诉讼来确认登记的有效或无效时，应首先分析具体情况，包括民事判决的内容、行政登记的情况以及相关权益人的合法权益是否受到影响等。
- 咨询专业律师：由于法律问题具有复杂性和专业性，建议在做出决定前咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供法律建议，并帮助制定合适的法律策略。
- 考虑诉讼成本：在决定是否提起行政诉讼时，还应考虑诉讼成本的问题。包括时间成本、金钱成本以及可能带来的心理压力等。如果诉讼成本过高或诉讼结果不确定，那么可能需要考虑其他解决争议的方式。
举例说明：假设某企业因违法经营被民事判决认定无效，但行政登记上该企业仍为有效状态。如果该企业的存在对其他市场主体的合法权益造成了影响（如不正当竞争、欺诈等），那么其他市场主体可能需要通过行政诉讼来确认该企业的行政登记无效，以维护自己的合法权益。
进一步思考：在处理此类问题时，还应关注相关法律法规的变化和司法实践的发展。因为法律和司法实践可能会对民事判决与行政登记的关系以及行政诉讼的适用条件产生新的影响。因此，在处理具体问题时，应结合最新的法律法规和司法实践进行分析和判断。
如有任何法律问题，可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况，为你提供专业的法律建议。