结论：在民事判决企业转让无效的情况下，是否可以提起撤销工商投资人变更登记的确权之诉，需根据具体情况判断，但通常可以提起相关诉讼以维护合法权益。以下从不同角度进行详细分析：

一、法律背景与依据

1. 企业转让无效的法律后果：

   • 当企业转让被法院判决无效时，意味着转让行为自始不具有法律效力，企业应恢复至转让前的状态。这包括但不限于企业资产、负债、股东结构等方面的恢复。

2. 工商投资人变更登记的性质：

   • 工商投资人变更登记是工商行政管理部门根据企业申请，对企业投资人信息进行变更登记的行为。它具有公示公信的效力，是外界了解企业投资人情况的重要途径。

3. 确权之诉的法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，当民事权益受到侵害时，权利人有权提起诉讼以维护自己的合法权益。在企业转让无效的情况下，原投资人或相关权益人可以提起确权之诉，要求撤销错误的工商投资人变更登记。

二、是否可以提起确权之诉

1. 可以提起确权之诉的情况：

   • 转让行为被判决无效：若企业转让行为已被法院判决无效，且该判决已生效，则原投资人或相关权益人有权基于该判决提起确权之诉，要求撤销错误的工商投资人变更登记。
   • 存在合法权益受损：原投资人或相关权益人需证明其因错误的工商投资人变更登记而遭受了实际损失或权益受损。这通常包括但不限于股权被非法转让、资产被侵占等。

2. 提起确权之诉的注意事项：

   • 诉讼时效：需注意诉讼时效的问题，确保在法定期限内提起诉讼。
   • 证据收集：需充分收集证据，包括但不限于企业转让合同、法院判决文书、工商变更登记资料等，以证明转让行为无效及自身合法权益受损。
   • 诉讼策略：在提起诉讼前，应制定详细的诉讼策略，包括确定被告、诉讼请求、事实与理由等，以确保诉讼的顺利进行。

三、可能的法律后果

1. 撤销工商投资人变更登记：

   • 若法院支持原投资人或相关权益人的诉讼请求，将判决撤销错误的工商投资人变更登记，恢复企业至转让前的状态。

2. 赔偿损失：

   • 若原投资人或相关权益人因错误的工商投资人变更登记而遭受了实际损失，法院还可能判决被告承担赔偿责任。

四、建议与措施

1. 及时咨询专业律师：

   • 在面临此类问题时，建议及时咨询专业律师，以获取专业的法律意见和诉讼策略。

2. 积极收集证据：

   • 应积极收集与案件相关的证据，包括但不限于合同、判决文书、工商资料等，以支持自己的诉讼请求。

3. 关注诉讼时效：

   • 需密切关注诉讼时效的问题，确保在法定期限内提起诉讼，以免丧失胜诉权。

如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业的法律意见和诉讼策略。