结论：工商部门以民事判决缺乏法律依据为由，未经行政程序直接撤销登记，被告申请撤回的时效限制问题，需分情况讨论。一般来说，行政行为的撤销应遵循法定程序，且被告申请撤回的时效限制需依据具体法律规定和案件情况来判断。
详细分析：
行政行为的撤销程序：
- 行政机关作出行政行为后，若需撤销或变更，通常应遵循法定程序。这包括通知相关当事人、听取陈述申辩、进行调查取证等环节。工商部门未经行政程序直接撤销登记，可能违反了法定程序要求。
- 在行政诉讼中，如果被告（即工商部门）认为原行政行为违法或不当，通常应在答辩期内提出抗辩或反诉，而非直接撤销原行政行为。若需撤销，也应通过法定程序进行，如申请法院撤销或自行撤销并重新作出行政行为。
被告申请撤回的时效限制：
- 被告申请撤回的时效限制并非一个固定的时间点，而是需根据具体法律规定和案件情况来判断。在行政诉讼中，被告通常不能随意撤回其作出的行政行为，除非符合法律规定的条件，如行政行为违法、显失公正等。
- 若被告认为原行政行为缺乏法律依据，并希望撤回，应首先通过法定程序进行撤销或变更。在此过程中，若涉及诉讼，被告需遵循诉讼程序的规定，包括答辩期、上诉期等时效限制。
- 值得注意的是，即使被告希望撤回原行政行为，也可能面临原告的反对或法院的审查。法院将根据案件事实和法律规定，判断被告撤回申请的合法性和合理性。
民事判决与行政行为的关系：
- 民事判决是法院对民事纠纷作出的裁决，其效力主要限于民事领域。工商部门作为行政机关，其撤销登记的行为属于行政行为，应受行政法的调整。
- 若民事判决与行政行为存在关联，如民事判决认定某登记行为违法，工商部门在撤销登记时仍需遵循行政法的规定和程序。民事判决不能直接作为工商部门撤销登记的法律依据，除非该判决已被转化为行政法的规定或被行政机关采纳为撤销登记的依据。
法律建议：
- 对于工商部门而言，应严格遵守法定程序进行行政行为的撤销或变更。若认为原行政行为缺乏法律依据，应通过法定程序进行撤销或申请法院撤销，而非直接撤销。
- 对于被告（工商部门）在行政诉讼中申请撤回的情况，应仔细审查撤回申请的合法性和合理性，并遵循诉讼程序的规定。若撤回申请不符合法律规定或案件情况，法院可能不予准许。
- 若您作为当事人涉及此类纠纷，建议及时咨询专业律师，了解具体法律规定和案件情况，以便更好地维护自己的合法权益。
可能法律后果：
- 若工商部门未经法定程序直接撤销登记，可能面临行政复议或行政诉讼的风险。在复议或诉讼中，若法院认定工商部门的行为违法或不当，可能撤销其撤销登记的决定，并责令其重新作出行政行为。
- 若被告在行政诉讼中申请撤回不符合法律规定或案件情况，法院可能不予准许，并继续审理案件。若法院最终判决原行政行为违法或不当，被告可能需承担相应的法律责任。