建造师转入总公司但合同签分公司的情况，需根据具体情形和法律规定来判断其合法性及潜在风险，以下从不同角度进行分析：

1. 合同主体与劳动关系：

   • 合法性分析：从法律层面讲，劳动合同的签订主体应当与实际用工单位一致。若建造师实际在总公司工作，但合同却与分公司签订，这可能存在合同主体与实际用工单位不符的问题。根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同应当明确用人单位和劳动者的基本信息，包括名称、住所等。因此，这种安排可能不符合劳动合同的法定要求。
   • 风险点：一旦发生劳动争议，如工资支付、社保缴纳、工伤赔偿等问题，可能会因合同主体与实际用工单位不一致而导致责任认定困难，增加建造师的维权成本。

2. 资质与执业管理：

   • 资质要求：建造师作为专业技术人员，其执业需遵循相关的资质管理规定。若建造师在总公司执业，但合同关系在分公司，这可能影响其资质的有效性和执业的合规性。特别是当涉及项目投标、施工管理等关键环节时，资质与执业单位的不一致可能引发监管问题。
   • 建议：为确保资质的有效性和执业的合规性，建议建造师在签订劳动合同时，应确保合同主体与实际执业单位一致。若因特殊原因需跨单位执业，应提前了解并遵守相关资质管理规定，办理必要的变更或备案手续。

3. 税务与社保缴纳：

   • 税务影响：合同签订主体与实际用工单位的不一致，还可能影响税务的缴纳和申报。根据税法规定，企业应按照实际发生的经济业务进行税务处理。若合同关系与实际用工关系不符，可能导致税务申报不准确，引发税务风险。
   • 社保缴纳：社保缴纳同样需要遵循实际用工关系。若建造师在总公司工作，但社保却在分公司缴纳，这可能不符合社保缴纳的相关规定，影响建造师的社保权益。

4. 法律建议与操作指引：

   • 法律建议：为避免潜在的法律风险，建议建造师在签订劳动合同时，应明确合同主体与实际用工单位的一致性。若因特殊原因需跨单位执业或签订合同，应提前咨询专业律师，了解相关法律规定和操作流程，确保合同的合法性和有效性。
   • 操作指引：若已存在合同主体与实际用工单位不一致的情况，建议及时与用人单位沟通，协商变更合同主体或办理相关备案手续。同时，保留好相关证据，如工作记录、工资支付凭证等，以备不时之需。

综上所述，建造师转入总公司但合同签分公司的情况存在潜在的法律风险。为确保自身权益和执业的合规性，建议建造师在签订劳动合同时应谨慎选择合同主体，并确保合同主体与实际用工单位的一致性。若有问题，可以直接向我咨询。