结论是：办理退休手续时发现事业单位95年出具的自动离职手续程序不合法，仲裁是否受理需视具体情况而定，但一般情况下，若该争议属于劳动争议且未超过仲裁时效，仲裁机构会受理。以下从不同角度进行分析：
一、仲裁受理范围
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议仲裁委员会受理因确认劳动关系发生的争议；因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；因除名、辞退和辞职、离职发生的争议等。您所描述的情况，即事业单位出具的自动离职手续程序不合法，若该离职手续与您的劳动关系解除直接相关，且您对此存在异议，那么该争议通常属于劳动争议仲裁委员会的受理范围。
二、仲裁时效
一般时效：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。若您在办理退休手续时才发现自动离职手续程序不合法，且该发现时间未超过一年，那么您仍有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
特殊时效：对于劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受一年仲裁时效期间的限制；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。不过，您的情况并不直接涉及劳动报酬争议，而是离职手续程序的合法性，因此主要适用一般时效规定。但需注意，若自动离职手续的违法性与您的工资、福利等劳动报酬相关，可能存在时效的特殊适用情况，需具体分析。
三、程序合法性争议的处理
若您认为事业单位出具的自动离职手续程序不合法，且该争议属于劳动争议仲裁委员会的受理范围，同时未超过仲裁时效，那么您可以按照以下步骤处理：
收集证据：收集能够证明自动离职手续程序不合法的相关证据，如离职通知、单位规章制度、同事证言等。
申请仲裁：向当地劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请书及证据材料，申请仲裁。
参与仲裁程序：按照仲裁委员会的通知参与仲裁程序，包括仲裁庭的组成、开庭审理、调解或裁决等。
四、可能面临的法律后果
若仲裁支持您的诉求：仲裁委员会可能裁决事业单位的自动离职手续无效，您可能恢复与事业单位的劳动关系或获得相应的经济补偿。
若仲裁不支持您的诉求：您可能需要接受自动离职的事实，或考虑通过其他法律途径（如诉讼）维护自己的权益。但需注意，诉讼同样受到时效的限制。
建议：鉴于劳动争议的复杂性和时效性，我建议您尽快咨询专业律师（即我本人，杨文献律师，专注于劳动纠纷等领域），对您的具体情况进行详细分析，并制定合适的维权策略。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。