针对您提出的“员工上班途中交通事故申报工伤，但公司不在上下班时间处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，根据《工伤保险条例》的相关规定，员工在上下班途中，如果受到非本人主要责任的交通事故伤害，是应当被认定为工伤的。这里的“合理时间”和“合理路线”是关键要素，即事故需要发生在员工正常上下班的时间段内，且路线是员工日常通勤的合理路线。
针对您的情况，如果员工在上班途中遭遇了交通事故，并且该事故非员工本人主要责任，那么员工有权申请工伤认定。此时，即使公司不在所谓的“上下班时间”内处理，也不影响员工申请工伤认定的权利。
具体处理步骤如下：
立即就医：员工在发生事故后，应首先确保自身安全，及时就医并保存好医疗诊断证明。
报告单位：员工应尽快向单位报告事故情况，并要求单位在事故发生之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。这是单位的法定义务。
单位未申请时的处理：如果单位未在规定时间内提出工伤认定申请，员工或其近亲属可以在事故伤害发生之日起1年内，自行向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
提交相关材料：在申请工伤认定时，需要提交劳动合同、医疗诊断证明、事故责任认定书等相关材料。这些材料是认定工伤的重要依据。
等待认定结果：社会保险行政部门会在60日内作出工伤认定决定。如果认定为工伤，员工将享受相应的工伤保险待遇，包括医疗费用、停工留薪期工资、伤残津贴等。
针对公司不配合的情况：
如果公司不同意申报工伤或未在规定时间内申报，员工不必过于担心。根据法律规定，员工或其近亲属有权自行申请工伤认定。在申请过程中，如果遇到任何困难或问题，可以寻求法律援助或咨询专业律师。
总结：
员工在上班途中遭遇非本人主要责任的交通事故时，有权申请工伤认定。即使公司不在所谓的“上下班时间”内处理，也不影响员工的这一权利。员工应按照规定的步骤和程序进行申请，并保存好相关证据和材料。如果公司不配合或拒绝申报工伤，员工可以自行申请并寻求法律援助。