结论：铁路单位将3天未上班考勤按上班算是否违规，需结合具体规章制度、劳动合同约定以及实际考勤情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、从规章制度的角度分析
规章制度合法性：
- 铁路单位作为用人单位，有权制定内部规章制度来管理员工。但这些规章制度必须符合国家法律法规的规定，且不得与劳动合同、集体合同等相抵触。
- 如果铁路单位的规章制度中明确规定了考勤计算方式，且该规定不违反法律法规，那么按照规章制度执行是合法的。
规章制度具体内容：
- 假设铁路单位的规章制度中规定，员工因特殊原因（如病假、事假等）未上班，但经过审批后，考勤可以按上班计算。在这种情况下，如果员工符合规章制度中的条件，那么考勤按上班算是合法的。
- 如果规章制度中没有相关规定，或者规定与实际情况不符，那么铁路单位将3天未上班考勤按上班算可能缺乏依据。
二、从劳动合同的角度分析
劳动合同约定：
- 劳动合同是用人单位与劳动者之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定了考勤计算方式，那么双方应按照劳动合同的约定执行。
- 如果劳动合同中没有约定考勤计算方式，或者约定不明确，那么需要参考铁路单位的规章制度或者国家法律法规的相关规定。
劳动合同履行：
- 在劳动合同履行过程中，如果铁路单位单方面改变考勤计算方式，且未与劳动者协商一致，那么这种改变可能构成违约行为。
三、从实际考勤情况的角度分析
员工实际出勤情况：
- 如果员工确实因特殊原因（如病假、事假等）未上班，且已经按照铁路单位的规定办理了相关手续，那么考勤按上班算可能是合理的。
- 如果员工未经批准擅自离岗，或者存在其他违反规章制度的行为，那么铁路单位将考勤按上班算可能缺乏合理性。
考勤记录真实性：
- 铁路单位应确保考勤记录的真实性和准确性。如果考勤记录存在虚假或错误，那么将3天未上班考勤按上班算可能构成对员工权益的侵害。
法律建议
- 对于铁路单位：应确保规章制度的合法性和合理性，明确考勤计算方式，并严格按照规章制度和劳动合同的约定执行。同时，应确保考勤记录的真实性和准确性，避免出现虚假或错误的情况。
- 对于员工：如果认为铁路单位的考勤计算方式存在违规行为，可以与铁路单位进行协商沟通。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
总结：铁路单位将3天未上班考勤按上班算是否违规，需结合具体规章制度、劳动合同约定以及实际考勤情况来判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。