工程款中可以约定工人工伤赔偿，但需遵循法律规定，确保约定合法有效。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律原则与规定
意思自治原则：在民事法律关系中，当事人有权在法律允许的范围内自由约定其权利和义务。因此，在工程款中约定工人工伤赔偿，从原则上讲，是当事人意思自治的体现。
工伤保险制度：然而，我国实行工伤保险制度，旨在保障因工作遭受事故伤害或者患职业病的职工获得医疗救治和经济补偿。根据《工伤保险条例》等相关法律法规，用人单位应当为职工缴纳工伤保险费，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病进行治疗，享受工伤医疗待遇。这意味着，工伤保险是法定的、强制性的，不能通过约定来排除或减轻用人单位的法定责任。
二、约定工人工伤赔偿的合法性与有效性
合法约定：如果工程款中的约定工人工伤赔偿，是在不违反法律法规强制性规定的前提下，对工伤保险待遇的补充或细化，那么这种约定是合法的。例如，双方可以约定在工伤保险待遇之外，再给予工人一定的经济补偿或提供其他形式的帮助。
无效约定：如果工程款中的约定工人工伤赔偿，试图排除或减轻用人单位按照工伤保险制度应当承担的法定责任，那么这种约定是无效的。因为，它违反了法律法规的强制性规定，损害了工人的合法权益。
三、实际操作中的建议
明确约定内容：在工程款中约定工人工伤赔偿时，应当明确约定内容，包括赔偿的范围、标准、方式等，以避免产生争议。
遵守法律法规：约定内容必须遵守法律法规的强制性规定，不得排除或减轻用人单位的法定责任。
考虑工伤保险：在约定工人工伤赔偿时，应当充分考虑工伤保险制度的作用，确保工人的合法权益得到充分保障。
咨询专业律师：由于工伤赔偿问题涉及复杂的法律关系和利益平衡，建议在约定前咨询专业律师，以确保约定的合法性和有效性。
举例说明：假设在一个工程项目中，发包方和承包方在工程款中约定，如果工人发生工伤事故，承包方将承担除工伤保险待遇外的额外经济补偿。这种约定在不违反法律法规强制性规定的前提下，是合法的，因为它没有排除或减轻承包方按照工伤保险制度应当承担的法定责任，而是对其进行了补充。
最后需要强调的是，工程款中约定工人工伤赔偿是一个复杂而敏感的问题，需要谨慎处理。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。