工程款支付最好在合同中明确约定。这一结论主要基于以下几点法律分析和实务考量：
一、法律层面：明确约定付款时间的重要性
《民法典》的相关规定：
- 根据《民法典》第七百九十九条，建设工程竣工后，发包人应当根据施工图纸及说明书、国家颁发的施工验收规范和质量检验标准及时进行验收。验收合格的，发包人应当按照约定支付价款。这表明，付款时间的明确约定是法律所鼓励的，有助于保障合同双方的权益。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释(一)》的相关规定：
- 该解释第二十七条规定，利息从应付工程价款之日计付。当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，下列时间视为应付款时间：(一)建设工程已实际交付的，为交付之日；(二)建设工程没有交付的，为提交竣工结算文件之日；(三)建设工程未交付，工程价款也未结算的，为当事人起诉之日。这表明，如果合同中没有明确约定付款时间，将可能引发付款时间确定的争议，增加诉讼成本和风险。
二、实务层面：明确约定付款时间的必要性
避免付款条件成就争议：
- 在实务中，如果合同仅约定“结算后付款”而未明确具体期限，当双方对结算无法达成一致时，建设单位可能会以付款条件未成就为由拒绝支付工程款。这将对施工单位造成不利影响，甚至可能引发诉讼。明确约定付款时间可以避免此类争议的发生。
保障施工单位的合法权益：
- 施工单位在完成工程建设后，有权及时获得工程款。如果合同中没有明确约定付款时间，建设单位可能会恶意拖延结算时间，从而损害施工单位的合法权益。明确约定付款时间可以保障施工单位的合法权益不受侵害。
促进合同顺利履行：
- 明确约定付款时间有助于促进合同的顺利履行。当合同双方都清楚知道各自的义务和权利时，他们将更有可能按照合同约定履行各自的义务，从而减少合同纠纷的发生。
三、不同观点及实务处理
第一种观点：
- 认为约定结算后付款属于对付款时间有明确约定，在结算未完成的情况下，建设单位有权以此为由拒绝履行工程款支付义务。但这种观点在实务中可能引发争议，因为结算未完成的原因可能多种多样，不一定都是施工单位的责任。
第二种观点（实务中更被接受）：
- 认为仅约定结算完毕后付款而未明确具体期限的，属于对付款时间约定不明。当事人可依据相关法律规定确定应付工程款的时间。这种观点更符合公平原则，有助于保障施工单位的合法权益。
实务处理：
- 在实务中，如果合同中没有明确约定付款时间，法院或仲裁机构可能会根据案件的具体情况，结合相关法律规定和公平原则，来确定应付工程款的时间。这增加了诉讼或仲裁的不确定性，因此明确约定付款时间更为稳妥。
四、建议
为了避免不必要的争议和风险，建议在建设工程施工合同中明确约定工程款的支付时间、支付方式和支付条件。这样不仅可以保障合同双方的权益，还可以促进合同的顺利履行。如果合同中已经存在模糊或不确定的条款，建议及时与对方协商修改或补充协议，以明确各自的权利和义务。
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