在建设工程合同中，如果双方已经对工程款进行了约定，那么工程款的确定主要依据该约定来进行。不过，具体如何确定还需考虑以下几个方面：
合同约定的明确性：
- 首先，要审查合同中关于工程款的约定是否明确、具体。这包括工程款的总额、支付方式、支付时间节点、支付条件等。如果约定明确，那么双方应严格按照约定执行。
- 例子：合同中约定“工程款总额为1000万元，分三期支付，第一期在工程开工后30日内支付300万元，第二期在工程主体结构完工后支付400万元，第三期在工程竣工验收合格后支付剩余的300万元”。这样的约定就是明确且具体的。
合同履行的实际情况：
- 尽管合同有约定，但在实际履行过程中，可能会因为各种原因（如设计变更、工程量增减等）导致工程款发生变化。此时，应根据实际履行情况，结合合同约定，对工程款进行相应调整。
- 法律建议：在合同履行过程中，双方应保留好相关证据（如变更通知、工程量确认单等），以便在工程款结算时提供依据。
合同变更或补充协议：
- 如果双方在合同履行过程中，对工程款进行了变更或签订了补充协议，那么应以变更后的约定或补充协议为准来确定工程款。
- 例子：原合同约定工程款为固定总价，但在施工过程中，因设计变更导致工程量大幅增加，双方经协商后签订补充协议，约定按照实际工程量结算工程款。
法律规定的适用：
- 如果合同约定不明确或存在争议，且双方无法协商一致，那么应依据相关法律法规来确定工程款。例如，《中华人民共和国民法典》中关于建设工程合同的规定，以及地方性法规、规章等。
- 法律背景：根据《民法典》的相关规定，当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。因设计变更导致建设工程的工程量或者质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款。
争议解决方式：
- 如果双方在工程款确定上存在争议，且无法通过协商解决，那么可以选择通过诉讼或仲裁等法律途径来解决争议。在诉讼或仲裁过程中，法院或仲裁机构会根据合同约定、实际履行情况、相关法律法规等因素来综合判断并确定工程款。
总结来说，工程款的确定首先依据合同中的明确约定；如果约定不明确或存在争议，则结合合同履行实际情况、变更或补充协议、相关法律法规等因素进行综合判断；若仍无法确定，则可通过诉讼或仲裁等法律途径来解决争议。在处理工程款纠纷时，建议双方保持沟通、保留好相关证据，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。