在合同约定包干价且双方已进行结算的情况下，工程款的确定主要依据结算文件，但还需结合合同条款、实际履行情况以及相关法律规定综合判断。以下是具体分析：

1. 以结算文件为准
   若双方已签署结算协议或结算单，且该文件明确载明了工程款金额、支付方式、支付时间等核心条款，则结算文件具有法律效力，工程款应以结算金额为准。
   法律依据：根据《民法典》第五百零九条，当事人应按约定全面履行义务；第五百七十七条，若一方不履行结算义务，另一方可要求其承担违约责任。
   例外情形：若结算文件存在重大误解、显失公平、欺诈、胁迫等情形，一方可在法定期限内申请撤销或变更结算结果。

2. 结合合同条款审查
   即使已结算，仍需审查合同中关于包干价的约定（如固定总价是否包含变更、索赔等），以及结算是否符合合同程序（如是否经双方确认、是否超过合同范围等）。
   示例：若合同约定“包干价不包含设计变更费用”，但结算时未将变更部分纳入，则承包方可主张补充结算。

3. 实际履行情况的影响
   若工程存在增项、减项、材料调差、工期延误等情形，即使合同为包干价，也可能影响最终工程款。
   处理方式：

   • 增项工程：需双方书面确认工程量及价款，否则可能被认定为合同外费用；
     
   • 减项工程：若因发包方原因导致工程量减少，承包方可主张按比例扣减或赔偿损失；
     
   • 材料调差：若合同未明确排除调差条款，且市场价格波动超出合理范围，可依据行业惯例或地方规定调整。

4. 优先适用结算协议的例外
   若结算协议被撤销或确认无效（如因未履行法定审批程序、违反强制性规定等），则需回归合同约定或实际工程量重新计算工程款。
   典型场景：政府投资项目未完成审计即结算，可能因违反《审计法》被认定无效。

建议行动：

1. 核对结算文件的签署主体、内容完整性及程序合法性；
   
2. 对比合同条款与结算内容，识别差异点（如变更、索赔是否纳入）；
   
3. 收集实际履行证据（如签证单、会议纪要、材料采购凭证等）；
   
4. 若对结算结果有异议，及时在法定期限内（通常为知道或应当知道撤销事由之日起90日内）提出异议或诉讼。
   

如有具体合同或结算文件需要审查，可直接向我提供细节，我会进一步分析。