在建设工程合同中，若同时约定了图纸包干和清单包干两种结算方式，结算问题确实容易引发争议。核心结论是：具体如何结算，需根据合同条款的明确性、双方的实际履行情况以及相关法律规定来综合判断。以下分情况详细说明：

1. 合同条款明确优先适用原则

   • 如果合同中明确约定了“以图纸包干为准，清单仅作为参考”或“清单包干为主，图纸变更部分另行计算”等类似条款，那么应当优先按照合同明确约定的方式结算。这种情况下，关键在于审查合同条款的表述是否清晰、无歧义。例如，若合同写明“工程量按施工图纸包干，除设计变更外不予调整”，则即使清单中有遗漏或差异，也应以图纸为准。
   • 建议：立即审查合同原文，重点关注关于结算方式的条款，特别是是否有“以…为准”“除…外”等限定性表述。

2. 合同条款冲突或模糊时的处理

   • 如果合同对图纸包干和清单包干的关系约定模糊，或存在冲突（如既说“按图纸包干”，又说“按清单结算”），则需结合《民法典》关于合同解释的规定处理。根据《民法典》第142条，有相对人意思表示的解释，应当按照所使用的词句，结合相关条款、行为的性质和目的、习惯以及诚信原则，确定意思表示的含义。
   • 实践中的倾向：法院或仲裁机构可能会倾向于认为，图纸是设计文件，清单是招标文件，两者不一致时，若承包人投标时已核对图纸并确认清单，可能推定清单包干是双方真实意思；若清单明显与图纸不符且承包人未提出异议，可能认定图纸包干优先。
   • 建议：收集双方往来函件、会议纪要等证据，证明哪一方在合同签订过程中主导了结算方式的选择，或哪一方对冲突条款应承担更大责任。

3. 实际履行情况的参考价值

   • 即使合同条款有冲突，若双方在实际履行中已形成一致做法（如长期按清单结算且未提出异议），可能被认定为“以行为变更合同”。根据《民法典》第543条，当事人协商一致可以变更合同。
   • 例外：若一方能证明实际履行是因对方胁迫、欺诈或重大误解，可主张变更或撤销。
   • 建议：整理施工过程中的付款记录、签证单、结算单等材料，分析双方是否默认了某种结算方式。

4. 设计变更或工程量增减的处理

   • 无论采用图纸包干还是清单包干，设计变更或工程量增减通常需另行计算。但需注意：若合同约定“图纸包干范围内不调整”，则即使实际工程量与图纸不符，承包人也可能需自行承担风险（除非能证明图纸错误是发包人责任）。
   • 建议：区分“设计变更”（需发包人书面确认）和“施工方案调整”（可能由承包人承担风险），并保留相关变更通知、图纸会审记录等证据。

总结建议：

• 第一步：立即固定合同原件、双方往来函件、施工图纸、清单文件等证据；
• 第二步：分析合同条款的优先级（如是否有“以…为准”的表述）；
• 第三步：梳理施工过程中的实际履行情况（如付款、签证、结算单）；
• 第四步：若争议无法协商，可委托专业机构对工程量进行鉴定，并依据鉴定结果和法律规定主张权利。

如有具体合同条款或案件细节需要分析，欢迎进一步提供信息，我会结合实际情况为您详细解答。