核心结论：当合同清单与图纸不符时，结算问题需根据具体情况，通过协商、合同条款解释、证据固定、法律途径等综合处理。以下是具体分析：

1. 优先协商解决
   若清单与图纸的差异不影响工程核心功能或质量，双方可协商调整结算金额。例如：清单中某材料规格与图纸标注不同，但实际使用材料满足工程需求，可按实际成本结算。协商时需注意：

   • 书面确认差异内容（如通过会议纪要、补充协议）；
     
   • 明确调整依据（如实际用量、市场价格）；
     
   • 避免口头约定，防止后续纠纷。

2. 依据合同条款处理
   若合同中明确约定“清单与图纸不一致时以图纸为准”或“以清单为准”，则直接按约定执行。例如：

   • 合同约定“图纸为设计依据，清单为参考”，则以图纸为准结算；
     
   • 若合同未明确约定，需结合行业惯例（如《建设工程工程量清单计价规范》）判断优先级。

3. 固定证据，明确责任
   若差异因一方过错导致（如设计方图纸错误、施工方未按清单采购），需通过证据固定责任：

   • 收集图纸会审记录、设计变更通知、材料采购凭证等；
     
   • 委托第三方机构（如造价咨询公司）出具鉴定报告，明确差异原因及损失金额；
     
   • 若属对方责任，可要求赔偿损失或调整结算。

4. 法律途径解决
   若协商无果，可通过诉讼或仲裁解决。法院或仲裁机构会综合以下因素判决：

   • 合同约定及行业惯例；
     
   • 双方过错程度（如是否尽到审查义务）；
     
   • 实际履行情况（如是否按图纸施工）。
     例如：某工程因图纸标注错误导致清单材料不足，法院可能判决建设单位承担部分责任，施工方按实际成本结算。

温馨提示：处理此类纠纷时，建议及时委托专业律师介入，避免因证据缺失或程序错误导致权益受损。若您有具体案例或合同文本，可进一步向我咨询，我会结合细节为您分析。