施工单位在发现清单与图纸不符时，应首先与发包方进行沟通，协商解决方案。如果沟通无果，可以根据具体情况选择继续履行合同、采取补救措施、要求赔偿损失或解除合同。以下是对此问题的详细分析：

一. 与发包方沟通协商

• 施工单位在发现清单与图纸不符的初期，应积极与发包方进行沟通，明确问题所在，并尝试达成一致的解决方案。这可能包括修改图纸、调整清单或重新确定施工范围等。

二. 根据合同约定和法律规定采取相应措施

1. 继续履行合同：如果经过沟通，双方能够就清单与图纸不符的问题达成一致，并且修改后的图纸或清单能够确保施工的正常进行，那么施工单位应继续履行合同，按照修改后的要求进行施工。
2. 采取补救措施：如果清单与图纸的不符已经导致施工出现偏差或延误，但尚未达到根本违约的程度，施工单位可以采取补救措施，如调整施工计划、增加投入等，以尽量减小损失并满足合同要求。
3. 要求赔偿损失：如果清单与图纸的不符是由于发包方的过错造成的，并且已经给施工单位造成了损失，施工单位可以根据《中华人民共和国民法典》第五百八十四条的规定，要求发包方赔偿因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益。
4. 解除合同：在极端情况下，如果清单与图纸的不符导致合同目的无法实现，或者发包方拒绝协商或采取补救措施，施工单位可以根据《中华人民共和国民法典》第五百六十三条的规定，选择解除合同。但需要注意的是，解除合同是一种严重的法律行为，必须谨慎对待，并确保符合法律规定的解除条件。

三. 保留证据，备查备用

• 无论采取何种措施，施工单位都应保留好相关证据，如沟通记录、图纸、清单、施工记录等，以备将来可能出现的纠纷或诉讼之需。

我建议施工单位在发现清单与图纸不符时，应首先保持冷静，积极与发包方进行沟通协商。在协商无果的情况下，应根据合同约定和法律规定采取相应措施，以维护自身的合法权益。同时，也要注重保留证据，以备不时之需。如有进一步需要，您可以继续咨询我。