当总价合同招标清单和招标图纸不符时，结算问题需要从多个环节系统处理，以确保公平、合理并符合合同精神。以下是一个清晰、详细且有深度的解答步骤：
一、问题识别与初步核查
全面比对文件：
- 仔细核对招标清单中的每一项工程量描述（如混凝土的方量、钢筋的吨数等）与施工图纸的尺寸标注、节点详图是否一致。
- 标记出所有差异点，并详细记录。
确认版本一致性：
- 检查招标清单、图纸及答疑文件的版本号，确保所有文件均为最新版本，避免因使用旧版文件导致的误判。
记录关键证据：
- 对差异部位进行拍照存档，并整理计算过程（如使用BIM模型导出数据），作为后续沟通的书面依据。
二、差异分析与责任界定
分析差异类型：
- 计算错误：可能是由于清单编制人员的疏忽或工具误差导致的。
- 设计变更：建设单位需求调整但未同步更新清单。
- 图纸深化不足：施工阶段发现图纸细节缺失。
- 规范标准差异：不同规范对工程量计算规则的要求不同。
确定责任归属：
- 根据差异类型，明确是招标人、设计单位、深化设计单位或招标文件编制单位的责任。
三、沟通与协商
向招标人提出澄清请求：
- 在投标截止前，通过书面形式提交《工程量清单差异说明》，要求招标人明确以哪份文件为准。
组织三方会议：
- 若差异涉及重大技术方案，可提议召开设计、施工、造价单位参加的协调会，形成会议纪要作为合同附件。
签订补充协议：
- 中标后若发现清单遗漏或差异，应及时与招标人协商，签订《工程量变更补充协议》，明确调整后的计价方式。
四、合同条款调整与优化
设置合理调差机制：
- 在合同专用条款中增加工程量偏差的调整机制，如“当实际工程量偏差超过±15%时，综合单价可调整”。
明确计量争议处理程序：
- 约定出现计量争议时的解决程序，如由注册造价工程师组成的专家组进行裁决。
引入第三方审价机构：
- 对于复杂工程，可在合同中指定具有司法鉴定资质的咨询公司作为终审机构。
五、风险防控与后续措施
建立双向复核制度：
- 投标前组织技术、商务团队交叉审核清单与图纸，利用专业软件进行三维算量验证。
保留完整索赔证据链：
- 对所有往来函件、会议纪要编号归档，必要时可进行公证保全。
持续沟通与跟进：
- 在施工过程中持续与招标人、设计单位等保持沟通，确保工程量变更得到及时处理和结算。
综上所述，处理总价合同招标清单和招标图纸不符的结算问题需要从多个方面综合考虑，包括问题识别、差异分析、沟通协商、合同条款调整以及风险防控等。通过系统而细致的工作，可以确保结算过程的公平、合理和顺利进行。