主协议约定仲裁，补充协议是可以约定诉讼的，但具体处理结果需视补充协议的约定而定。以下从不同角度为您详细分析：
补充协议未明确变更或排除主协议仲裁条款的情况
- 如果补充协议中仅有类似“补充合同与本合同约定不一致的，以本合同约定为准”的条款，或者没有该类约定，且没有约定新的争议解决条款，那么视为补充协议没有对主协议的争议解决条款进行明确的排除或修改。在这种情况下，仍应按照主协议的约定，通过仲裁解决纠纷。
- 例如，在惠州某农业开发有限公司申请撤销仲裁裁决案中，法院认为主债务合同约定了仲裁条款，其后针对主债务合同达成的补充协议与主债务密切相关，不可分割，亦不能独立存在。主债务合同中约定的仲裁条款适用于补充协议，除非该补充协议对主债务合同的仲裁条款进行了明确的变更或者排除适用。
补充协议明确约定诉讼作为争议解决方式的情况
- 如果补充协议中明确约定了诉讼作为争议解决方式，例如“如因双方发生争议的，则任意一方有权向甲方所在地法院提起诉讼”，这样的条款已经对双方的争议解决重新进行了约定，排除了原先的仲裁条款。在这种情况下，应尊重当事人的意思自治，只能通过诉讼来解决争议。
补充协议争议解决条款存在范围限制的情况
- 如果补充协议的争议解决条款有范围限制，例如约定“如因本补充合同发生争议”，那么需要判断该争议解决条款是否只针对补充合同项下的相关内容。如果争议内容只涉及主协议，不涉及补充协议的内容，理论上仍可以主张采用仲裁来解决。但个人认为，仍应以补充协议的约定为主，采用诉讼的方式解决，因为补充协议作为主合同的补充，实质上是主合同的不可分割部分，具有同等法律效力。不过，如果补充协议的内容确实与主协议的内容关系不大，可以独立存在的话，则主协议发生争议时，仍有可能依据原主协议的约定申请仲裁。
建议：
- 在签订补充协议时，双方应明确约定争议解决方式，以避免后续产生纠纷。
- 如果补充协议对主协议的争议解决条款进行了变更或排除，应确保变更或排除的条款清晰明确，以避免产生歧义。
- 在发生争议时，双方应首先查看协议中的争议解决条款，并按照约定进行处理。如果无法达成一致，可以寻求法律途径解决。
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