单位在申报工伤认定时，若对脑干出血是否属于工伤存在争议，通常有责任配合或协助进行司法鉴定，以明确死亡原因与工作的关联性。具体分析如下：

1. 工伤认定的核心要件

根据《工伤保险条例》第十五条，职工在工作时间和工作岗位，突发疾病死亡或者在48小时之内经抢救无效死亡的，视同工伤。但需满足两个关键条件：

• 时间与岗位关联性：疾病发作需发生在工作时间和工作岗位；
• 死亡时间限制：从发病到死亡或抢救无效的时间不超过48小时。

若脑干出血符合上述条件，单位应主动申报工伤认定。但若对死亡是否与工作相关存在争议（如是否因个人健康原因导致），则需通过司法鉴定明确因果关系。

2. 司法鉴定的作用与责任主体

• 鉴定目的：确定脑干出血是否由工作因素（如过度劳累、职业病等）引发，或与个人健康状况（如高血压、血管畸形等）无关。
• 责任主体：
  • 单位责任：若单位对工伤认定有异议，或社保部门要求提供医学证明，单位有义务配合提供相关材料（如病历、工作记录等），并协助受害人家属申请司法鉴定。
  • 家属权利：若单位未主动申报工伤，家属可自行向社保部门申请认定，并要求单位配合鉴定。
  • 社保部门角色：在争议较大时，社保部门可委托司法鉴定机构进行因果关系鉴定，费用通常由工伤保险基金或责任方承担。

3. 单位不配合的法律后果

若单位拒绝配合司法鉴定或隐瞒关键证据，可能导致：

• 工伤认定被驳回：因证据不足无法证明疾病与工作相关；
• 行政责任：社保部门可对单位处以罚款（《工伤保险条例》第六十二条）；
• 民事赔偿风险：若被认定存在过错（如未提供安全工作环境），可能需承担部分赔偿责任。

4. 实务建议

• 单位角度：
  1. 及时申报工伤，避免逾期；
  2. 配合提供病历、考勤记录等证据；
  3. 若对工伤认定有异议，应在收到认定书后15日内申请行政复议或提起行政诉讼。
• 家属角度：
  1. 督促单位申报工伤，若单位拒绝可自行申请；
  2. 保留医疗记录、工作证明等证据；
  3. 必要时委托律师介入，通过法律途径维护权益。

总结：单位在申报工伤时，若对脑干出血是否属于工伤存在争议，有责任配合司法鉴定以明确因果关系。若单位不配合，可能承担不利法律后果。建议双方通过合法途径解决争议，确保工伤认定程序公正。如有进一步疑问，可直接向我咨询。