结论：公司要求个体户补开发票是否合法需分情况讨论，具体如下：

1. 若交易真实存在且符合税法规定
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务或从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项时，收款方应当向付款方开具发票。即使交易时未开具发票，若双方存在真实交易且无偷逃税款等违法行为，公司有权要求个体户补开发票。此时，个体户应配合补开，否则可能面临税务机关责令改正、罚款等行政责任。

2. 若交易存在争议或违法情形

   • 交易真实性存疑：若公司无法证明交易实际发生（如无付款记录、物流凭证等），个体户可拒绝补开发票，并要求公司通过法律途径确认债权债务关系。
     
   • 偷逃税款目的：若双方交易时故意不开发票以隐匿收入、逃避纳税，补开发票可能涉及税务违法。此时，税务机关可能对双方进行税务稽查，并追缴税款、滞纳金及罚款。个体户需谨慎处理，避免因补开发票被认定为协助逃税。
     
   • 超过补开期限：根据《税收征收管理法》及实施细则，税务机关对发票违法行为的追责期限通常为5年。若交易发生在2年前且未被税务机关发现，补开发票本身不直接导致违法，但若涉及补缴税款，需按现行税率计算并缴纳。

3. 合同缺失的影响
   合同并非开具发票的法定前提，但可作为证明交易真实性的重要证据。若双方无书面合同，可通过其他证据（如聊天记录、转账记录、送货单等）证明交易存在。若证据不足，公司可能面临举证困难，但个体户仍需基于诚信原则配合补开。

建议：

• 个体户应核实交易真实性，要求公司提供付款凭证、交易记录等证据。
  
• 若交易合法，建议配合补开发票，但需确保发票内容与实际交易一致（如金额、服务内容等）。
  
• 若存在争议或违法风险，建议双方协商解决或通过法律途径确认权利义务，避免直接拒绝导致法律纠纷。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体处理方案。