结论前置：关于“夜晚三点下班下午十二点又上班是否合法”的问题，这主要取决于劳动者的总工作时间、休息时间以及是否违反了相关的劳动法律法规。一般情况下，若这种安排导致劳动者连续工作时间过长或休息时间不足，则可能不合法。
法律分析
工作时间与休息时间的法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时。同时，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。若夜晚三点下班后，下午十二点又要求上班，很可能导致劳动者连续工作时间过长，或者休息时间严重不足，这违反了劳动法的规定。
加班与休息的具体要求：
- 如果因工作需要，用人单位安排劳动者加班，应当按照国家规定支付加班费，并且每日加班时间一般不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。夜晚三点下班后，下午十二点又上班，若未给予劳动者足够的休息时间，很可能超出了法定加班时间限制。
特殊工时制度的适用：
- 某些特殊行业或岗位可能实行不定时工作制或综合计算工时工作制。但即使如此，用人单位也需要确保劳动者的平均工作时间和休息时间符合法律规定，并且需要经过劳动行政部门的批准。若未经批准擅自实行特殊工时制度，或者即使实行了但未保障劳动者权益，也是不合法的。
应对建议
与用人单位沟通：
- 劳动者可以首先与用人单位的人力资源部门或相关负责人进行沟通，表达自己对工作时间安排的疑虑和不满，要求用人单位调整工作时间安排，确保符合法律规定。
向劳动监察部门投诉：
- 若与用人单位沟通无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，反映用人单位违反劳动法律法规的情况，请求劳动监察部门进行调查和处理。
寻求法律援助或提起诉讼：
- 若劳动监察部门未能有效解决问题，或者劳动者认为自己的权益受到了严重侵害，可以寻求法律援助或向劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请，甚至向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
可能的法律后果
- 若用人单位违反劳动法律法规，安排劳动者连续长时间工作或休息时间不足，可能面临劳动行政部门的处罚，包括警告、罚款等。同时，劳动者也有权要求用人单位支付加班费、经济补偿等，并可能因此解除劳动合同并要求用人单位支付赔偿金。
总结：夜晚三点下班下午十二点又上班是否合法，主要取决于这种安排是否违反了劳动法律法规中关于工作时间和休息时间的规定。若违反，则不合法，劳动者有权采取相应措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。