结论前置：结算工资时备注工资含有经济补偿金、加班费，并注明“以后再无任何纠纷”，这样的条款在法律上的效力需分情况讨论，其有效性并非绝对。
一、条款可能有效的情形
双方真实意思表示：
- 如果该备注是雇主和员工在平等、自愿的基础上，经过充分协商后达成的真实意思表示，且没有违反法律、行政法规的强制性规定，那么该条款在双方之间是具有法律效力的。这意味着，一旦双方签署了这样的工资结算单，就应当按照约定履行，员工在签署后通常不能再就经济补偿金、加班费等问题提出异议。
员工明确放弃权利：
- 如果员工在签署工资结算单时，明确知道并同意放弃就经济补偿金、加班费等事项进一步主张权利，且这种放弃是其真实意愿的表达，那么该条款也是有效的。但这种情况下，员工需要确保自己是在充分了解情况、没有受到胁迫或欺诈的前提下做出的决定。
二、条款可能无效的情形
违反法律强制性规定：
- 如果该备注中的条款违反了法律、行政法规的强制性规定，比如雇主试图通过这种方式逃避支付法定经济补偿金或加班费的义务，那么该条款是无效的。因为法律对于劳动者的权益保护有明确的规定，任何试图规避这些规定的条款都是不被法律所认可的。
存在欺诈、胁迫等情形：
- 如果雇主在签署工资结算单时存在欺诈、胁迫等情形，导致员工在违背真实意愿的情况下签署了该条款，那么该条款也是可以被撤销的。在这种情况下，员工有权向劳动争议仲裁委员会或人民法院申请撤销该条款，并主张自己的合法权益。
未实际支付相关费用：
- 即使工资结算单上备注了包含经济补偿金、加班费等费用，但如果雇主实际上并未支付这些费用，那么该条款也是无效的。因为条款的有效性不仅取决于其形式上的存在，更取决于其是否得到了实际履行。
三、法律建议
- 对于雇主：在签署工资结算单时，应当确保条款的合法性和有效性，避免使用模糊或容易引起歧义的表述。同时，应当按照约定实际支付相关费用，以维护自己的信誉和避免法律纠纷。
- 对于员工：在签署工资结算单前，应当仔细阅读条款内容，确保自己了解并同意其中的各项约定。如果存在疑问或不确定的地方，应当及时向雇主或专业人士咨询。在签署后，如果发现雇主未按照约定履行义务，应当及时通过法律途径维护自己的权益。
总结：结算工资时备注工资含有经济补偿金、加班费，并注明“以后再无任何纠纷”的条款，其法律效力需根据具体情况来判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。