停工留薪期结束后辞职，一般不会影响后续的工伤程序及赔偿。具体分析如下：

一. 停工留薪期结束后的辞职权利

• 停工留薪期结束后，劳动者有权选择辞职，这是其自主择业权的体现，法律上通常允许。辞职本身不会直接影响已确定的工伤待遇获取，如一次性伤残补助金等，这些待遇会正常发放。

二. 工伤程序与赔偿的独立性

• 工伤赔偿中的核心项目，如一次性伤残补助金，是依据伤残等级确定的，与劳动者是否辞职无关。只要工伤已被认定，且完成了劳动能力鉴定，确定了伤残等级，这笔费用就会由工伤保险基金支付。
• 一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金虽然与劳动关系的解除有关，但辞职属于解除劳动关系的合法情形，按规定应当支付。通常，一次性工伤医疗补助金由工伤保险基金支付，一次性伤残就业补助金由用人单位支付。

三. 辞职时需注意的事项

• 辞职前，劳动者应确保已享受完整的停工留薪待遇，包括原工资福利待遇不变。若单位未依法支付，劳动者可通过劳动仲裁等法律途径追讨。
• 辞职时，劳动者应按照劳动合同约定和法律规定，提前以书面形式通知用人单位，履行告知义务，避免因程序不当引发劳动纠纷。

综上所述，停工留薪期结束后辞职，一般不会影响后续的工伤程序及赔偿。但劳动者在辞职前应确保已完成工伤认定和劳动能力鉴定，并妥善处理好与用人单位的工伤赔偿事宜。我建议劳动者在辞职前仔细考虑，并咨询当地社保部门或专业律师，以确保自身权益不受损害。如有进一步需要，您可以继续咨询我。