在劳动法框架下，员工因交通事故休息期间，工资是否应被扣除需视具体情况而定，但通常情况下，非因工负伤或患病在规定医疗期内的，用人单位不应扣除工资。以下是对此问题的详细分析：
一、非因工负伤或患病在医疗期内的工资支付
法律依据：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。
- 在医疗期内，员工有权享受病假工资或疾病救济费，其标准不得低于当地最低工资标准的80%。
工资支付情况：
- 若员工因交通事故受伤，且该伤害不属于工伤范畴（即非因工作原因导致），则员工在医疗期内应享受病假工资。
- 病假工资的具体数额可能因地区、单位政策等因素而有所不同，但不得低于当地最低工资标准的80%。
二、工伤情况下的工资支付
法律依据：
- 根据《工伤保险条例》，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
工资支付情况：
- 若员工因交通事故受伤被认定为工伤，则在停工留薪期内，员工应享受与原工资相同的福利待遇，用人单位不得扣除工资。
- 停工留薪期的长短通常根据工伤员工的伤情和医疗机构出具的证明来确定。
三、用人单位违法扣除工资的法律后果
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位不得无故克扣或拖欠劳动者工资。
法律后果：
- 若用人单位违法扣除员工因交通事故休息期间的工资，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位补发工资并可能获得相应的经济补偿。
四、建议与措施
对于员工：
- 若因交通事故受伤需要休息，应及时向用人单位报告并提交相关医疗证明。
- 了解自己的权益，包括病假工资或停工留薪期工资的支付标准。
- 若用人单位违法扣除工资，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
对于用人单位：
- 应遵守相关法律法规，不得无故克扣或拖欠员工工资。
- 在员工因交通事故受伤需要休息时，应按照规定支付病假工资或停工留薪期工资。
- 可与员工协商解决工资支付问题，以避免不必要的法律纠纷。
总结来看，员工因交通事故休息期间，工资是否应被扣除需根据具体情况判断。若属于非因工负伤或患病在医疗期内，用人单位应支付病假工资；若属于工伤，则在停工留薪期内应享受与原工资相同的福利待遇。若用人单位违法扣除工资，员工有权维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。