结论：在政府作为工程发包方，但付款方为污水公司的情境下，起诉时能否将污水公司列为被告，需根据具体情况判断，若污水公司是实际付款义务人且与案件有直接利害关系，一般可以将其列为被告；若其仅为代付或无直接利害关系，则可能不宜列为被告。以下从不同角度进行分析：

一、合同相对性原则

1. 基本原则：根据合同法的相关规定，合同具有相对性，即合同关系只能发生在特定的主体之间，只有合同当事人一方能够向合同的另一方当事人基于合同提出请求或提起诉讼。

2. 应用分析：

   • 若政府与承包方签订的工程合同中明确约定了付款义务人为政府，而污水公司仅是代为支付，那么从合同相对性原则出发，污水公司并非合同当事人，一般不宜直接列为被告。
   • 若合同中或后续协议中明确约定了污水公司作为付款义务人，或者政府将付款义务转让给了污水公司且得到了承包方的认可，那么污水公司就成为了合同的一方当事人，承包方在起诉时可以将其列为被告。

二、实际履行情况

1. 考虑因素：除了合同约定外，实际履行情况也是判断能否将污水公司列为被告的重要因素。

2. 应用分析：

   • 如果在实际履行过程中，污水公司一直作为付款方与承包方进行交易，且承包方也接受了这种付款方式，那么可以认为污水公司与案件有直接利害关系，承包方在起诉时可以将其列为被告。
   • 如果污水公司只是偶尔代付，或者代付行为并未得到承包方的明确认可，那么将其列为被告的依据可能就不充分。

三、法律关系与诉讼策略

1. 法律关系梳理：在决定是否将污水公司列为被告前，需要梳理清楚政府、污水公司和承包方之间的法律关系，包括合同关系、债权债务关系等。

2. 诉讼策略考虑：

   • 从诉讼策略的角度出发，如果将污水公司列为被告有利于查明案件事实、明确责任主体或便于执行，那么可以考虑将其列为被告。
   • 如果将污水公司列为被告可能会增加诉讼复杂性和成本，或者对案件处理结果并无实质性影响，那么可能需要谨慎考虑。

四、建议与风险提示

1. 建议：在决定是否将污水公司列为被告前，建议承包方先仔细审查合同条款和实际履行情况，必要时可以咨询专业律师进行法律分析。

2. 风险提示：如果错误地将污水公司列为被告，可能会面临诉讼风险，包括但不限于被驳回起诉、承担诉讼费用等。因此，在起诉前需要充分评估法律风险和诉讼成本。

总结：在政府作为工程发包方，但付款方为污水公司的情境下，起诉时能否将污水公司列为被告需根据合同约定、实际履行情况、法律关系和诉讼策略等多方面因素进行综合判断。如果有具体的法律问题或需要进一步的法律分析，可以直接向我咨询。