结论：在合同纠纷中，如果合同是与甲公司签订，但付款部分由乙公司承担，您可以将甲乙两公司都列为被告，但具体是否应当将两公司都列为被告，还需根据实际情况和证据来综合判断。

分析说明：

1. 合同相对性原则：

   • 通常情况下，合同具有相对性，即合同的权利义务主要约束合同双方当事人。在此案例中，合同是与甲公司签订的，因此甲公司是合同的一方当事人，应当承担合同约定的义务。

2. 付款义务的承担：

   • 如果合同中明确约定或双方事后达成一致，付款部分由乙公司承担，这并不改变合同相对性的基本原则。但乙公司作为实际付款方，其付款行为可能与合同履行密切相关。
   • 若乙公司未按照约定付款，这可能构成对合同履行的干扰或违约行为的共犯（如果乙公司与甲公司有共同的意思联络），从而有可能被卷入诉讼。

3. 将两公司都列为被告的合理性：

   • 从诉讼策略角度：将甲乙两公司都列为被告，可以确保在诉讼中全面追究可能承担责任的主体，避免遗漏重要被告。
   • 从证据收集角度：如果乙公司的付款行为与合同履行紧密相关，且乙公司可能存在违约行为，将乙公司列为被告有助于收集相关证据，查明案件事实。
   • 从法律责任角度：如果乙公司确实应当承担付款义务但未履行，且甲公司对此存在过错（如未督促乙公司付款、与乙公司共同欺诈等），则乙公司可能需与甲公司共同承担责任。

4. 需考虑的因素：

   • 合同条款：仔细审查合同条款，特别是关于付款义务的约定，以确定乙公司是否应当承担付款责任。
   • 双方行为：分析甲乙两公司在合同履行过程中的行为，特别是乙公司的付款行为是否符合合同约定或双方事后达成的一致。
   • 证据收集：收集相关证据，如合同、付款凭证、双方沟通记录等，以支持您的主张。

行动建议：

• 咨询专业律师：在决定是否将甲乙两公司都列为被告之前，建议咨询专业律师，对案件进行全面评估和分析。
• 收集证据：积极收集与案件相关的证据，包括合同、付款凭证、双方沟通记录等，以支持您的诉讼请求。
• 准备诉讼材料：根据律师的建议和案件情况，准备诉讼材料，包括起诉状、证据清单等。

后续思考：

• 如果乙公司确实应当承担付款责任但未履行，且甲公司对此存在过错，您可能需要考虑在诉讼中同时追究甲乙两公司的责任。
• 如果乙公司只是代为付款，且与甲公司之间不存在共同的意思联络或违约行为，您可能需要重新评估是否将乙公司列为被告。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。