可以将该单位作为被告，但具体是否可行需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律关系分析
合同相对性原则：
- 如果政府批复是基于某个合同或协议，且该合同明确约定了由某单位承担付款义务，那么根据合同相对性原则，该单位作为合同一方，应当履行付款义务。若其未履行，合同另一方（如收款方）有权将其作为被告提起诉讼。
政府批复的性质：
- 政府批复本身通常不直接设定民事权利义务关系，但如果批复内容明确指示某单位承担付款责任，且该批复被相关方所接受并作为履行依据，那么在实际操作中，该单位可能因批复而承担付款义务。此时，若其未履行，收款方同样有权将其作为被告。
二、实际操作建议
审查合同或协议：
- 首先，应仔细审查与付款义务相关的合同或协议，确认其中是否明确约定了由某单位承担付款责任。若合同中有明确约定，则可直接依据合同起诉该单位。
收集政府批复及相关证据：
- 若合同中未明确约定，但政府批复中指示了某单位承担付款责任，那么应收集政府批复及相关证据，如批复文件、相关方的接受函等，以证明该单位确实承担了付款义务。
考虑诉讼策略：
- 在决定起诉前，应综合考虑诉讼成本、胜诉可能性及执行难度等因素。若认为起诉该单位是合理的且有可能胜诉，那么可以将其作为被告提起诉讼。
三、可能面临的法律后果
若单位被判承担付款责任：
- 如果法院最终判决该单位承担付款责任，而该单位未履行判决，那么收款方可以申请法院强制执行，包括查封、扣押、拍卖该单位的财产等。
若单位被判不承担付款责任：
- 如果法院认为该单位不承担付款责任，那么收款方可能需要寻找其他责任主体或承担不利后果。此时，收款方应重新审视合同或协议及政府批复的内容，以确定是否存在其他责任主体或救济途径。
具体操作时，建议如下：
- 先通过法律途径确认该单位是否确实承担付款义务；
- 若确认承担，再准备相关证据材料提起诉讼；
- 在诉讼过程中，注意保护自己的合法权益，避免因操作不当而遭受损失。
有问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况给出更详细的法律建议。