针对您提出的问题“发包人明知实际施工人挂靠资质，是否可以直接支付工程款给挂靠人”，这是一个涉及建设工程施工合同法律关系的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、一般情况下的法律原则
合同相对性原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同仅对当事人具有法律约束力。在建设工程合同中，这意味着承包人与发包人之间的合同关系原则上不对合同以外的第三人（如挂靠的实际施工人）产生法律效力。
- 因此，在一般情况下，如果实际施工人并非与发包人直接签订合同的承包人，其通常不能基于合同关系直接向发包人主张工程款。
挂靠关系的非法性：
- 挂靠行为本身违反了建筑行业的法律法规，如《中华人民共和国建筑法》等。这种违法行为不应得到法律的支持和保护。
- 实际施工人作为挂靠人，其权益往往难以通过合法途径得到有效保障，因为挂靠行为本身就不具备合法性。
二、例外情况下的法律救济
尽管一般情况下实际施工人不能直接向发包人主张工程款，但在特定条件下，法律也提供了一定的救济途径：
发包人明知或应知挂靠事实：
- 如果发包人在订立合同时明知或应当知道实际施工人借用资质的事实，那么该建设工程施工合同可能因违反法律强制性规定而无效。
- 在这种情况下，由于实际施工人已经完成了工程建设，并投入了相应的劳动和材料成本，从公平角度出发，其有权请求参照合同约定支付工程价款。但这一请求并非直接基于合同关系，而是基于公平原则和实际投入。
实际施工人的代位权诉讼：
- 根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定，实际施工人可以以转包人或违法分包人为被告起诉，并在一定条件下将发包人列为第三人。
- 如果实际施工人能够证明其与转包人或违法分包人之间存在有效的债权债务关系，且转包人或违法分包人对发包人享有到期债权但怠于行使的，实际施工人有权提起代位权诉讼，要求发包人在欠付转包人或违法分包人建设工程价款的范围内对其承担责任。
三、具体操作建议
- 审查合同与法律规定：首先，需要仔细审查建设工程施工合同以及相关法律法规，确定合同的有效性以及各方当事人的权利义务。
- 收集证据：如果实际施工人希望向发包人主张工程款，需要收集充分的证据证明发包人明知挂靠事实、实际施工人完成了工程建设以及投入的成本等。
- 咨询专业律师：由于这类问题涉及复杂的法律关系和证据收集，建议实际施工人咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议。
综上所述，虽然一般情况下实际施工人不能直接向发包人主张工程款，但在特定条件下（如发包人明知挂靠事实），法律也提供了一定的救济途径。然而，由于挂靠行为的非法性，实际施工人的权益往往难以得到充分保障。因此，建议在实际操作中谨慎处理，并咨询专业律师的意见。