在发包人明知挂靠的情况下，被挂靠人能否主张工程款，需分情况讨论：

一、合同关系角度

1. 直接合同关系：若被挂靠企业与发包人直接签订了建设工程施工合同，并且该合同合法有效（尽管挂靠行为本身违法，但合同效力需单独判断，如地方政策要求必须具备一定资质的企业作为合同签订方时，合同可能被认定为有效），则被挂靠企业作为合同一方主体，有权依据合同约定向发包人主张工程款。不过，在挂靠情形下，这种直接合同关系较为少见。
2. 表见代理：若被挂靠企业虽未直接与发包人签订合同，但其行为（如允许挂靠人以其名义进行施工、提供资质文件等）导致发包人有合理理由相信挂靠人是代表被挂靠企业进行施工，构成表见代理。此时，被挂靠企业同样可以向发包人主张工程款，但需提供充分证据证明表见代理的存在，如发包人因被挂靠企业的行为而产生的合理信赖、挂靠人以被挂靠企业名义进行施工的相关证据等。

二、实际履行角度

如果被挂靠企业在施工过程中实际参与了工程管理，如派遣技术人员、管理人员对工程质量、进度等进行把控，提供了部分施工设备或材料等，那么它可以基于其实际投入和贡献，向发包人或挂靠人主张相应的工程款份额。这要求被挂靠企业提供确凿的证据证明其实际参与和投入，如施工日志、管理人员考勤记录、设备租赁合同及发票、材料采购合同及发票等。

三、挂靠协议角度

虽然挂靠行为本身违法，但如果被挂靠企业与挂靠人之间签订的挂靠协议中明确约定了在特定条件下被挂靠企业可以主张工程款，且该约定不违反法律法规的强制性规定（尽管挂靠协议整体可能因违法而无效，但部分条款可能因不违反法律强制性规定而有效，需具体判断），那么在符合约定条件时，被挂靠企业可以依据该协议向挂靠人主张权利。然而，由于挂靠协议的无效性，这种约定在法律上的效力可能受到质疑，因此需谨慎对待，且在实际操作中可能面临执行困难。

四、法律法规角度

1. 挂靠行为的违法性：挂靠行为违反了《建筑法》、《建设工程质量管理条例》等法律法规的禁止性规定，因此挂靠合同或协议在法律上往往是无效的。这意味着被挂靠企业不能简单地依据挂靠合同来主张工程款。
2. 发包人明知挂靠的特殊情况：若发包人在订立合同时明知或应当知道实际施工人借用资质的事实，那么该建设工程施工合同可能因违反法律强制性规定而无效。在这种情况下，尽管合同无效，但实际施工人（挂靠人）已经完成了工程建设，并投入了相应的劳动和材料成本，从公平角度出发，其有权获得相应的报酬。此时，被挂靠企业若想主张工程款，需证明其与发包人之间存在其他合法有效的权利义务关系，或者基于其实际投入和贡献来主张份额。

综合建议

在处理被挂靠施工企业主张工程款的问题时，应综合考虑多种因素，包括合同关系的有效性、实际履行的程度、挂靠协议的约定以及相关法律法规的规定等。由于挂靠行为的复杂性和法律风险，建议被挂靠企业在实际操作中：

1. 收集证据：全面收集与发包人、挂靠人之间的合同、沟通记录、实际投入证明等证据，以证明其主张工程款的合法性和合理性。
2. 寻求专业帮助：由于挂靠行为涉及复杂的法律关系和较高的法律风险，建议被挂靠企业在实际操作中寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到有效维护。
3. 遵守法律法规：避免采取违法的挂靠行为，以免引发不必要的法律纠纷和经济损失。在参与建设工程时，应确保自身具备相应的资质和条件，并遵守相关法律法规的规定。

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