针对您提出的“包工头把房盖高了，该不该起诉”的问题，这确实是一个涉及法律责任和合同履行的复杂情况。以下是我为您提供的详细分析和建议：
一、法律关系分析
首先，我们需要明确您与包工头之间的法律关系。通常，在农村自建房过程中，房主与包工头之间会形成一种承揽合同关系。即包工头按照您的要求完成房屋建设，并交付工作成果，您则支付相应的报酬。
二、包工头盖高房屋的性质
包工头将房屋盖高，可能涉及以下几种情况：
合同约定不符：如果合同中明确规定了房屋的高度或层数，而包工头未按照约定执行，则构成违约。
设计变更未经同意：如果包工头在未经您同意的情况下擅自变更了房屋设计（包括高度），也构成违约。
误解或沟通不畅：当然，也有可能存在误解或沟通不畅的情况，导致包工头误以为您希望房屋更高。
三、是否应该起诉
是否应该起诉，取决于以下几个因素：
损失程度：如果房屋盖高导致了严重的经济损失（如需要拆除重建、影响使用功能等），或者给您带来了其他不便，那么起诉可能是一个合理的选择。
合同条款：检查合同中是否有关于房屋高度、层数以及违约责任的明确约定。如果有，且包工头确实违反了这些约定，那么您有权要求其承担违约责任。
沟通与协商：在起诉之前，建议先尝试与包工头进行沟通和协商，看是否能够达成一个双方都能接受的解决方案。如果协商无果，再考虑起诉。
法律成本：起诉需要投入时间、精力和金钱。在决定起诉之前，请评估这些成本是否值得，以及您是否有足够的证据来支持您的主张。
四、建议与措施
收集证据：包括合同、设计图纸、照片、视频等，以证明包工头确实将房屋盖高了，并且这违反了合同约定或您的意愿。
咨询专业律师：在起诉之前，建议咨询一位专业的律师，以了解您的法律权利和可能的诉讼结果。
尝试协商：在起诉之前，尽量与包工头进行协商，看是否能够达成一个和解协议。这可以节省时间和金钱，并避免不必要的法律纠纷。
考虑其他解决方案：如果起诉不是最佳选择，您可以考虑其他解决方案，如要求包工头进行整改、降低工程款等。
五、结论
综上所述，是否应该起诉包工头取决于多个因素，包括损失程度、合同条款、沟通与协商以及法律成本等。在做出决定之前，请务必收集足够的证据，并咨询一位专业的律师。如果协商无果且您认为起诉是合理的选择，那么您可以依法维护自己的权益。