公司合并时，有工伤的员工一般不会被随意开除，但具体是否会被开除需结合多种情况综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、公司合并的一般原则与员工留用
公司合并通常是为了优化资源、提升竞争力，一般不会轻易开除员工。若合并后的公司业务需要，可能会保留原有员工的岗位，继续让员工为公司服务。例如，新公司的业务范围与原公司业务有延续性，原员工的技能和经验能满足新公司的需求，那么员工大概率会继续留用。这种情况下，有工伤的员工同样会被保留，因为其工伤状况并不影响公司对其技能和经验的认可。
二、医疗期内的保护
依据《劳动合同法》，劳动者因工负伤后，在规定的医疗期内，用人单位是不得解除劳动合同的。这是为了保障受伤劳动者能安心接受治疗，避免因工作问题而影响康复。因此，在公司合并过程中，如果工伤员工正处于医疗期内，公司不得开除该员工。
三、医疗期后的特殊情况
医疗期届满后，若劳动者无法从事原来的工作，且对于用人单位另行安排的工作也不能胜任，此时用人单位需提前三十日以书面形式通知劳动者本人，或者额外支付劳动者一个月工资后，才可以解除劳动合同，并且还应当依照国家有关规定支付相应的经济补偿。但这一规定并不针对工伤员工特别制定，而是适用于所有劳动者。对于工伤员工而言，如果其工伤导致丧失或部分丧失劳动能力，且无法胜任新安排的工作，公司需按照上述程序解除劳动合同并支付经济补偿。然而，这并不意味着公司可以随意开除工伤员工，因为还需考虑工伤员工的实际情况和公司的合理调整需求。
四、法定解除情形
若劳动者存在严重违反用人单位规章制度等法定情形，公司仍可依法解除劳动合同。这一规定同样适用于工伤员工。例如，如果工伤员工严重违反劳动纪律、严重失职给公司造成重大损害等，公司可以依据合法有效的规章制度辞退该员工。但这种情况下，公司的开除行为是基于员工的过错行为，而非其工伤状况。
五、违法开除的法律后果
如果公司违法开除有工伤的员工，员工可主张违法解除劳动合同的赔偿金。赔偿金标准是经济补偿标准的二倍，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资。因此，公司在考虑开除工伤员工时，必须谨慎评估其行为的合法性，以避免承担不必要的法律责任。
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