仲裁委以工伤认定申请确认劳动关系的不予受理，是否合法需分情况讨论：

一、合法情形

1. 申请事项不属于仲裁范围

   • 根据《劳动人事争议仲裁办案规则》及相关法律规定，劳动仲裁主要受理因劳动权利义务产生的争议。若申请事项属于行政部门管理范畴，如对工伤认定结论不服，应通过行政复议或行政诉讼解决，此时仲裁委不予受理是合法的。
   • 举例：若劳动者已向劳动行政部门申请工伤认定，但对认定结果不服，直接向仲裁委申请确认劳动关系以推翻工伤认定结论，仲裁委可能会以不属于仲裁范围为由不予受理。

2. 主体不适格

   • 若申请人不是与本案有直接利害关系的劳动者或用人单位，如他人无合法授权代劳动者申请仲裁，仲裁委不予受理也是合法的。
   • 举例：劳动者的朋友未经授权，擅自以劳动者的名义向仲裁委申请确认劳动关系，仲裁委在审查时发现申请人主体不适格，会不予受理。

3. 超过仲裁时效

   • 劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。若超过时效且无正当理由，仲裁委可能不予受理。
   • 举例：劳动者在受伤后多年才向仲裁委申请确认劳动关系以申请工伤赔偿，且无法提供合理的延迟申请理由，仲裁委可能会以超过仲裁时效为由不予受理。

4. 材料不齐且经告知补正后仍不补正

   • 申请人提交的仲裁申请材料不齐全，经仲裁委告知补正后仍不补正的，仲裁委也可能不予受理。
   • 举例：劳动者在申请确认劳动关系时，未提供劳动合同、工资单等关键证据，仲裁委告知其补正后，劳动者仍未提供，仲裁委可能会不予受理。

二、不合法情形

1. 仲裁委未进行形式审查而直接实质审查

   • 仲裁委在对当事人的仲裁申请进行审查时，应当仅是形式上的审查，而非实质性的审查。若仲裁委以立案审查意见代替仲裁庭庭审，从而拒绝立案受理，这是不合法的。
   • 举例：劳动者向仲裁委申请确认与某公司存在劳动关系，仲裁委在形式审查时发现“某公司”是明确存在的，但未经庭审就直接以“某公司”不是与劳动者建立劳动关系的用人单位为由不予受理，这是不合法的。

2. 未在法定期限内作出决定或未告知救济途径

   • 无论是出具不予受理通知书还是出具书面说明，仲裁委均应当在五日内作出。对于仲裁委逾期未作出决定或者决定不予受理的，申请人可以向人民法院提起诉讼。若仲裁委未在法定期限内作出决定或未告知救济途径，也是不合法的。
   • 举例：劳动者向仲裁委申请确认劳动关系，仲裁委在收到申请后超过五日仍未作出决定，也未告知劳动者可以向人民法院提起诉讼，这是不合法的。

三、建议与救济途径

1. 保留证据：劳动者应妥善保管与劳动关系、工伤相关的所有证据材料，包括劳动合同、工资单、考勤记录、医疗诊断证明等。
2. 及时咨询专业律师：在处理劳动关系确认、工伤认定等纠纷时，建议劳动者及时咨询专业律师以获取法律帮助。
3. 救济途径：若对仲裁委的不予受理决定不服，劳动者可以在规定期限内向人民法院提起诉讼，要求撤销不予受理的决定，并重新进行审理。

总结来看，仲裁委以工伤认定申请确认劳动关系的不予受理是否合法，需根据具体情况判断。若属于合法情形，劳动者应理解并接受仲裁委的决定；若认为仲裁委的决定不合法，劳动者可以通过法律途径维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。