政府投资工程项目合同中未约定支付进度款和预付款，这一做法并不完全合规，存在法律风险和合规性问题。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律法规的合规性要求
《中华人民共和国民法典》的相关规定：
- 根据《民法典》合同编的相关规定，合同应当明确约定双方的权利和义务，包括付款方式、付款时间等关键条款。政府投资工程项目合同作为民事合同的一种，同样应遵循这一原则。
- 若合同中未明确约定支付进度款和预付款，可能违反《民法典》中关于合同内容应明确、具体的规定，从而引发合同履行过程中的纠纷。
政府投资项目管理的特别规定：
- 政府投资项目通常受到更为严格的监管，包括项目审批、资金管理、合同履行等方面。部分地方政府或行业主管部门可能出台具体规定，要求政府投资工程项目合同中必须明确约定支付进度款和预付款等条款。
- 若合同未遵循这些特别规定，可能面临行政监管部门的处罚或合同无效等法律后果。
二、合同履行中的风险
资金支付风险：
- 未约定支付进度款和预付款，可能导致承包方在项目实施过程中面临资金短缺的风险，影响工程进度和质量。
- 同时，发包方也可能因未明确约定支付条款而面临承包方要求提前支付或追加支付的风险，增加资金成本。
合同纠纷风险：
- 合同中未明确约定支付条款，容易在合同履行过程中引发双方对支付时间、支付金额等问题的争议，导致合同纠纷。
- 纠纷解决过程中，可能因合同条款不明确而增加解决难度和成本。
三、合规性建议
完善合同条款：
- 在政府投资工程项目合同中，应明确约定支付进度款和预付款的条款，包括支付时间、支付比例、支付条件等。
- 确保合同条款符合相关法律法规和政府投资项目管理的特别规定。
加强合同管理：
- 建立健全合同管理制度，明确合同签订、履行、变更、解除等环节的流程和责任。
- 加强对合同履行过程的监督和检查，确保双方按照合同约定履行义务。
寻求专业法律意见：
- 在签订政府投资工程项目合同前，建议咨询专业律师或法律顾问的意见，确保合同条款的合法性和合规性。
- 在合同履行过程中，如遇到法律问题或纠纷，应及时寻求专业法律帮助，维护自身合法权益。
总结来看，政府投资工程项目合同中未约定支付进度款和预付款并不合规，存在法律风险和合规性问题。为确保合同的合法性和合规性，降低合同履行过程中的风险，建议在合同中明确约定相关支付条款，并加强合同管理和寻求专业法律意见。如果您在政府投资工程项目合同方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。