医疗期满单位通知上班，但您正在做二次手术，单位称您是自动离职，这种做法一般是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：

法律角度

1. 医疗期内的保护：根据《劳动合同法》及相关规定，在医疗期内，用人单位不得解除劳动合同。这意味着，只要您处于医疗期内，无论单位以何种理由要求您离职，都是违法的。

2. 医疗期满后的处理：医疗期满后，如果劳动者既不能从事原来的工作，也无法从事用人单位另行安排的工作，用人单位需要提前三十天以书面形式通知劳动者本人，或者额外支付劳动者一个月工资后，才可以解除劳动合同。这是法律对用人单位解除劳动合同的严格限制，旨在保护劳动者的合法权益。

3. 单位行为的违法性：在您正在做二次手术的情况下，显然无法从事原来的工作或用人单位另行安排的工作。此时，单位未经合法程序（如提前三十天书面通知或额外支付一个月工资）就要求您自动离职，是违法的。

应对措施

1. 保留证据：首先，您需要保留好所有与医疗期、手术相关的医疗证明、病历、费用单据等证据。这些证据将是您后续维权的重要依据。

2. 与单位协商：您可以尝试与单位进行协商，说明您的情况，并要求单位按照法律规定处理。如果单位同意继续履行劳动合同或支付经济赔偿金，那么问题可能得到妥善解决。

3. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查和处理，并可以要求用人单位继续履行劳动合同或支付经济赔偿金。

4. 申请劳动仲裁：如果投诉后问题仍未得到解决，您可以向当地的劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁委员会将根据事实和法律规定作出裁决，维护您的合法权益。

可能的法律后果

1. 单位继续履行劳动合同：如果劳动监察部门或劳动仲裁委员会认定单位的做法违法，可能会要求单位继续履行劳动合同，即恢复您的工作岗位和工资待遇。

2. 单位支付经济赔偿金：如果劳动合同已经无法继续履行（如单位已经解散或您已经找到新的工作），劳动监察部门或劳动仲裁委员会可能会要求单位支付经济赔偿金。经济赔偿金的数额通常根据您的工作年限和工资水平来确定。

建议您：在处理此类问题时，务必保持冷静和理性，不要轻易主动离职。同时，及时咨询并寻求专业律师的帮助（比如直接向我咨询），以确保您的合法权益得到最大程度的保护。