结论：劳动合同和发薪主体不一致时，能否主张双倍工资需结合具体情形判断，主要分为以下两种情况：

1. 关联公司混同用工，可主张双倍工资

若两家公司存在关联关系（如母子公司、兄弟公司、实际控制人相同等），且劳动者能证明实际用工主体与合同签订主体不一致系公司故意规避责任（例如：工资由A公司发放，但考勤、工作安排均由B公司管理），则可能被认定为混同用工。

根据《劳动合同法》第82条，用人单位未与劳动者签订书面劳动合同的，需支付双倍工资。此时，劳动者可主张由实际用工主体或合同签订主体承担连带责任，要求支付双倍工资差额。

关键证据：

• 工资流水（显示发薪方）；
• 工作证、考勤记录、工作邮件等（显示实际管理方）；
• 两家公司的股权关系证明（如工商登记信息）。

2. 委托代发工资，一般不可主张双倍工资

若劳动合同明确约定工资由第三方公司代发（例如：合同签订方为A公司，但A公司委托B公司代发工资），且劳动者入职时已知悉该安排，则属于合法委托关系。此时，劳动合同主体与发薪主体不一致不影响合同效力，劳动者无权主张双倍工资。

例外情形： 若A公司未与劳动者签订书面劳动合同，且B公司仅是代发工资（无实际用工关系），则劳动者可要求A公司支付双倍工资，与B公司无关。

实务建议

1. 优先固定证据：保存劳动合同、工资流水、工作记录等材料，证明实际用工关系；
2. 区分法律关系：明确是“混同用工”还是“委托代发”，针对性主张权利；
3. 及时维权：双倍工资仲裁时效为1年，自用工次月起计算，逾期可能丧失权利。

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件细节。