关于您提出的“自行缴纳社保申请书协议是否合法”的问题，我可以明确地告诉您，此类协议通常是不具备法律效力的。

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，社会保险具有强制性，缴纳社会保险费是用人单位与劳动者的法定义务。这意味着，无论是用人单位还是劳动者，都不能通过约定或协议来变更或放弃这一法定义务。

具体来说，即使您签署了所谓的“自行缴纳社保申请书协议”，该协议也不能免除用人单位为您缴纳社保费用的法定义务及相应的法律责任。因为这种单方声明或协议会因违反法律的强制性规定而无效。

此外，从实际操作的角度来看，如果用人单位未依法为劳动者缴纳社会保险费，劳动者在发生工伤、失业、生育、医疗等情形时，将无法享受到相应的社会保障待遇。这不仅会给劳动者带来经济上的压力，还可能引发一系列的法律纠纷。

更重要的是，如果用人单位以各种形式逃避为员工缴纳社保，还将面临社会保险行政部门的处罚，包括责令限期改正、加收滞纳金、罚款等。在严重的情况下，社会保险费征收机构还可以申请人民法院扣押、查封、拍卖用人单位的财产以抵缴社会保险费。

因此，我建议您不要签署此类协议，而是应该坚持要求用人单位依法为您缴纳社会保险费。这不仅是对您自身权益的保障，也是对用人单位法定义务的履行。如果您在就业过程中遇到任何关于社会保险的问题或纠纷，都可以及时向相关部门或专业人士咨询并寻求帮助。