针对您提出的“班组起诉公司已判决，农民工又起诉公司，涉及重复款项怎么办”的问题，我首先明确结论：公司需要仔细审查两起诉讼的诉讼请求及事实依据，判断是否存在重复主张款项的情况，并据此采取相应的法律措施。以下是我从不同角度为您进行的分析：
一、审查诉讼请求及事实依据
对比两起诉讼的诉讼请求：
- 公司应详细对比班组起诉和农民工起诉的诉讼请求，特别是关于款项的性质、金额及支付依据等关键信息。
- 若两起诉讼的诉讼请求存在明显重叠，如均主张同一笔工程款或工资，则可能涉及重复主张。
审查事实依据：
- 公司需审查两起诉讼中原告提供的事实依据，包括合同、结算单、工资表等证据材料。
- 通过对比证据材料，判断两起诉讼是否基于同一事实或同一法律关系。
二、判断是否存在重复主张
若存在重复主张：
- 公司可以在答辩中明确指出两起诉讼存在重复主张的情况，并提供相应证据予以证明。
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，重复起诉的，法院应裁定不予受理或驳回起诉。因此，公司可以请求法院驳回重复主张的诉讼请求。
若不存在重复主张：
- 若两起诉讼的诉讼请求及事实依据均不相同，则可能不存在重复主张的情况。
- 在此情况下，公司应分别针对两起诉讼进行答辩，并提供相应的证据材料支持自己的观点。
三、采取相应的法律措施
积极应诉：
- 无论是否存在重复主张，公司都应积极应诉，按时提交答辩状及相关证据材料。
- 通过应诉，公司可以充分阐述自己的观点，维护自己的合法权益。
寻求和解或调解：
- 在诉讼过程中，公司可以考虑与原告进行和解或调解，以达成双方都能接受的解决方案。
- 和解或调解可以节省诉讼成本和时间，同时也有助于维护公司的商业声誉。
上诉或申请再审：
- 若公司对一审判决结果不服，可以在法定期限内提起上诉或申请再审。
- 通过上诉或申请再审，公司可以争取更公正的判决结果。
四、预防措施
完善合同管理：
- 公司应完善与班组及农民工的合同管理，明确双方的权利义务及款项支付方式等关键信息。
- 通过完善合同管理，可以减少因合同条款不明确而引发的纠纷。
加强证据收集与保存：
- 公司应加强与班组及农民工的沟通与合作，及时收集并保存相关证据材料。
- 通过加强证据收集与保存，可以在发生纠纷时提供有力的证据支持。
定期进行法律风险评估：
- 公司应定期进行法律风险评估，及时发现并解决潜在的法律问题。
- 通过定期进行法律风险评估，可以降低公司面临法律风险的可能性。
建议您：在处理此类纠纷时，务必保持冷静和理性，积极寻求法律途径解决争议。若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。