针对劳务公司起诉班组长超付工程款的问题，以下是一些具体的建议来应对和解决这一纠纷：

一、明确超付原因与责任

首先，劳务公司需要仔细核查超付工程款的具体原因。是由于内部财务管理疏忽、沟通不畅导致的误解，还是班组长提供了不准确的工程进度信息？明确原因后，要确定责任归属，这有助于后续采取合适的法律措施。

二、收集证据材料

1. 合同文件：包括劳务合同、工程款支付协议等，这些文件是证明双方权利义务关系的基础。
2. 支付记录：收集所有与班组长之间的工程款支付记录，包括银行转账凭证、收据等。
3. 工程进度报告：如果超付是因为班组长提供了不准确的工程进度信息，那么需要找出相关的工程进度报告进行比对。
4. 沟通记录：双方之间的邮件、短信、电话录音等沟通记录，也可以作为证据使用。

三、与班组长协商

在采取法律手段之前，建议劳务公司先与班组长进行协商。可以尝试通过友好沟通，了解班组长对超付工程款的看法，以及是否愿意退还或达成某种形式的和解。协商过程中，可以明确表达公司的立场和诉求，并听取班组长的意见。

四、采取法律措施

如果协商无果，劳务公司可以考虑采取以下法律措施：

1. 发送律师函：通过律师函的形式，正式向班组长提出退还超付工程款的要求，并明确法律后果。
2. 提起诉讼：如果班组长拒绝退还超付工程款，劳务公司可以向人民法院提起诉讼，要求班组长承担法律责任。
3. 申请财产保全：为了防止班组长转移财产或逃避债务，劳务公司可以在提起诉讼的同时，申请人民法院对班组长的财产进行保全。

五、加强内部管理

为了避免类似纠纷的再次发生，劳务公司需要加强内部管理，包括：

1. 完善财务管理制度：确保工程款支付有严格的审批流程和监督机制。
2. 加强沟通协作：与班组长保持密切沟通，及时了解工程进度和资金需求。
3. 建立风险防范机制：对于可能出现的超付风险，提前制定应对措施和预案。

综上所述，面对劳务公司起诉班组长超付工程款的问题，需要明确原因与责任、收集证据材料、与班组长协商、采取法律措施以及加强内部管理等多方面的努力来应对和解决。