针对您提出的问题，关于劳务合同中既有农民工工资又有班组长利益，班组如何起诉的问题，以下是我的详细解答：
首先，要明确起诉的对象。这主要取决于与班组形成劳动关系或合同关系的主体是谁。
与具备用工主体资格的单位签订合同：
- 如果农民工班组是与有合法用工资格的单位（如建筑公司、劳务公司等）签订了劳动合同或劳务合同，并且合同中明确规定了工资和班组长的利益分配，那么班组可以直接起诉该单位。在起诉时，需要提供合同、考勤记录、工资结算单等相关证据，以证明单位未按照合同约定支付工资或利益。
为个人包工头干活：
- 如果班组是跟着个人包工头做事，而包工头没有用工主体资格，但工程是由具备资格的建筑施工企业等发包的，那么根据相关规定，农民工班组可以把发包方（即具备用工主体资格的单位）列为被告，要求其承担用工主体责任，支付工资和班组长的利益。同样，起诉时需要提供充分的证据来支持自己的主张。
涉及违法分包：
- 如果存在违法分包等情况，违法分包方等可能要对农民工工资和班组长的利益承担连带责任。在这种情况下，班组可以将违法分包方和发包方一起列为被告，要求他们共同承担支付责任。
无论哪种情况，班组在起诉前都需要做好充分的准备工作：
- 收集证据：包括合同、考勤记录、工资结算单、银行转账记录等，以证明自己的劳动关系和未获得的工资或利益。
- 咨询法律专业人士：在起诉前，最好咨询一位劳动法律师或法律援助机构，以了解自己的权利和义务，以及起诉的可行性和风险。
- 确定起诉对象：根据具体情况和证据，确定合适的起诉对象，以确保诉讼的有效性和成功性。
总之，农民工班组在起诉讨薪或维护自身权益时，需要明确与各个主体之间的关系，收集好相关证据，并咨询法律专业人士的意见，以确定合适的起诉对象和诉讼策略。