结论前置：因疾病申请辞职却被扣底薪的做法不合法，你可以通过协商、投诉或申请劳动仲裁等途径来维护自身权益。

核心前提：你因疾病申请辞职，但公司却以各种理由扣除你的底薪。

具体分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者因病或非因工负伤，在规定的医疗期内，用人单位不得解除劳动合同，且应当支付病假工资或者疾病救济费，标准不得低于当地最低工资标准的80%。
   • 如果你因病主动提出辞职，且处于医疗期内，公司扣除你底薪的行为可能违反了上述法律规定。即使不在医疗期内，公司也无权随意扣除你的底薪，除非有明确的合同约定或公司规章制度支持，且这些约定或制度本身不违反法律法规。

2. 应对措施：

   • 协商：首先，你可以尝试与公司进行协商，明确表达你的诉求和法律依据，要求公司补发被扣除的底薪。
   • 投诉：如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，提供相关证据（如工资条、辞职申请、医疗证明等），请求劳动监察部门介入调查并处理。
   • 劳动仲裁：如果投诉后问题仍未得到解决，你可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。

3. 注意事项：

   • 在处理此类问题时，务必保留好相关证据，如工资条、辞职申请、医疗证明、与公司的沟通记录等，以便在需要时提供证明。
   • 如果对法律程序不熟悉，可以寻求法律援助或咨询专业律师（当然，这里你可以直接向我咨询），以确保自己的权益得到充分保障。