结论：老宅基地面积大且已确权发放不动产证，重新翻建时要求缩小面积登记是否合法，需结合具体情况判断，若符合规划且程序合法则合法，否则可能不合法。以下从不同角度进行分析：
一、合法情形
符合规划要求：
- 根据《城乡规划法》及相关地方规定，宅基地翻建需符合当地土地利用总体规划和城乡规划。若翻建时缩小面积是为了满足规划要求（如道路拓宽、公共设施建设等），且已获得相关部门批准，则此要求合法。
- 例子：某村因道路拓宽需要，要求沿路宅基地翻建时缩小面积，以留出足够道路空间。若该要求已通过规划审批，则合法。
程序合法：
- 宅基地翻建需经过申请、审批等程序。若缩小面积登记的要求是在合法程序下提出的（如作为审批条件之一），且申请人已按程序办理，则此要求合法。
- 流程：申请人向村委会提出翻建申请→村委会初审并公示→乡镇政府审核→县级政府审批→办理建设工程规划许可证→翻建并缩小面积登记（如要求）。
二、不合法情形
违反规划要求：
- 若翻建时缩小面积登记的要求违反了当地土地利用总体规划和城乡规划，且未获得相关部门批准，则此要求不合法。
- 例子：某村未经规划审批，擅自要求宅基地翻建时缩小面积，以增加村集体土地面积。此行为违反了规划要求，不合法。
程序不合法：
- 若缩小面积登记的要求未在合法程序下提出，或申请人未按程序办理相关手续，则此要求不合法。
- 例子：村委会未经乡镇政府或县级政府审批，擅自要求宅基地翻建时缩小面积登记。此行为程序不合法，要求无效。
侵犯合法权益：
- 若缩小面积登记的要求侵犯了宅基地使用权人的合法权益（如未经同意擅自缩小面积），则此要求不合法。
- 法律背景：根据《物权法》及相关规定，宅基地使用权人依法享有对宅基地的使用权，任何单位和个人不得侵犯。
三、法律建议
核实规划要求：
- 在翻建前，务必核实当地土地利用总体规划和城乡规划，确保翻建计划符合规划要求。
遵循合法程序：
- 按照法定程序办理宅基地翻建申请、审批等手续，确保每一步都合法合规。
维护合法权益：
- 若认为缩小面积登记的要求侵犯了自身合法权益，可依法向相关部门提出异议或申请行政复议、提起行政诉讼等。
进一步思考：在实际操作中，宅基地翻建涉及多方利益，建议申请人在翻建前充分了解当地政策、规划要求及程序规定，确保翻建计划合法合规。同时，若遇到问题或纠纷，可及时咨询专业律师以获取法律帮助。有问题可以直接向我咨询。