公安机关作出的起诉意见书存在瑕疵时，一般不能直接撤销，但能否通过其他途径纠正需视具体情况和法律规定而定。以下从不同角度进行分析：

一、起诉意见书的性质与撤销的法律依据

起诉意见书是公安机关在侦查终结后，对案件事实、证据和法律适用进行总结，并提出是否起诉以及起诉罪名的法律文书。它并非最终的法律判决，而是刑事诉讼程序中的一个环节。我国法律并未直接规定起诉意见书可以撤销，但根据《刑事诉讼法》及相关司法解释，若起诉意见书存在严重瑕疵，可能影响案件的公正处理，相关机关可依法进行纠正。

二、起诉意见书存在瑕疵时的处理方式

1. 退回补充侦查：

   • 若检察院在审查起诉阶段发现起诉意见书存在事实不清、证据不足等瑕疵，可要求公安机关补充侦查。
   • 公安机关在补充侦查后，应重新制作起诉意见书或补充材料，以完善案件证据链。

2. 不批准逮捕或不起诉：

   • 若检察院认为起诉意见书所依据的证据不足或存在其他法定不起诉情形，可作出不批准逮捕或不起诉的决定。
   • 这虽非直接撤销起诉意见书，但实质上终止了案件的进一步诉讼程序。

3. 法院审理阶段的纠正：

   • 若案件进入法院审理阶段，法院发现起诉意见书存在严重瑕疵，可能影响定罪量刑的，可依法作出无罪判决或建议检察院撤回起诉。
   • 检察院在法院宣告判决前，若发现起诉意见书存在《刑事诉讼法》第十五条规定的情形（如情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪等），应撤回起诉。

三、起诉意见书瑕疵的具体情形与处理

1. 事实认定瑕疵：

   • 若起诉意见书对案件事实的认定存在错误或遗漏，公安机关应在补充侦查阶段进行纠正。
   • 检察院在审查起诉时，也应严格审查事实认定部分，确保起诉意见书的准确性。

2. 法律适用瑕疵：

   • 若起诉意见书在法律适用上存在错误，如罪名认定不当、法律条款引用错误等，检察院在审查起诉时应予以纠正。
   • 法院在审理阶段，若发现法律适用错误，也应依法进行纠正。

3. 程序瑕疵：

   • 若起诉意见书的制作或送达程序存在瑕疵，如未依法告知犯罪嫌疑人权利、未依法送达等，相关机关应依法进行补正。

四、法律建议

• 对于公安机关：应严格依法制作起诉意见书，确保事实清楚、证据确实充分、法律适用正确。若发现起诉意见书存在瑕疵，应及时进行补正或重新制作。
• 对于检察院：在审查起诉阶段，应严格审查起诉意见书的内容，确保案件符合起诉条件。若发现起诉意见书存在严重瑕疵，应依法要求公安机关补充侦查或作出不批准逮捕、不起诉的决定。
• 对于法院：在审理阶段，应依法审查起诉意见书及案件证据，确保案件公正处理。若发现起诉意见书存在严重瑕疵，可能影响定罪量刑的，应依法作出无罪判决或建议检察院撤回起诉。

若您遇到公安机关作出的起诉意见书存在瑕疵的情况，建议及时咨询专业律师，以便根据具体情况制定合适的法律策略。